ABCluster已支持搜索表面支撑团簇，配体保护团簇和胶束结构

coolrainbow · 发表于 Post on 2020-6-11 14:33:31

ABCluster是一个十分高效易用的化学团簇全局优化软件。自2015年发布以来，已经再催化、反应、大气、金属等领域取得广泛应用，被多个高水平工作使用（如PNAS 2019, 116, 24966; JACS 2018, 140, 11020; Nanoscale 2020, 20, 5125）。2020年6月，ABCluster推出了2.1版。这个版本有很多重大更新，将分几个帖子介绍。

ABCluster最新版本的下载：http://www.zhjun-sci.com/software-abcluster-download.php
ABCluster的已发表应用：http://www.zhjun-sci.com/software-abcluster-stories.php
ABCluster的Gallery：http://www.zhjun-sci.com/software-abcluster-gallery.php

从ABCluster 2.1开始，lego模块的建模能力被大大增强，可以搜索结构更加复杂的团簇，并且除了Gaussian等量子化学程序以外，还可以连接分子动力学程序Gromacs， Lammps和周期性计算软件CP2K等，可以搜索更加多样性的体系。下图是几个最新的可以由ABCluster搜索的体系：气相Au55 (lego+xTB), Au8(PMe3)4 (lego+xTB), Au8@TiO2(O缺陷表面，lego+CP2K)，苯的阵列，qD(C60)20 (lego+xTB),CO吸附于Ni38(lego+Lammps), POPC的双层膜，POPC和水形成的反胶束结构（lego+Gromacs）

这些例子，在ABCluster的Manual中都有详细的描述，一步一步的告诉你如何搜索这些团簇的结构和全局极小点。特别典型的，可以搜索在纳米可以和催化中表面支撑团簇、配体保护团簇、和胶束结构的搜索。我将在接下来的几天，陆续针对每一类体系，发帖详述如何对这些体系进行优化。当然，你可以先通过Manual来尝试。

puzhongji · 发表于 Post on 2020-6-11 17:54:10

期待

Aristotler · 发表于 Post on 2020-6-21 15:55:38

期待，支持

granvia · 发表于 Post on 2020-6-21 17:56:24

强烈支持

thanhtam · 发表于 Post on 2020-6-21 19:59:32

chrinide · 发表于 Post on 2020-6-21 20:26:28

赞一个

librakitty · 发表于 Post on 2021-7-3 14:51:19

本帖最后由 librakitty 于 2021-7-3 14:56 编辑

老师您好，我用这个软件想搜索Si(OH)4和NH3作用的稳定构象，我分别构建了他们各自的xyz文件，放在一起的cluster和inp文件，用rigidmol-optimizer执行，但是总报错，Incoorect XYZ file [SI-OH-4. xyz] format near:"9". Correct example:'12"相关文件已经上传，请老师帮忙指点下，谢谢

coolrainbow · 发表于 Post on 2021-7-3 22:06:06

librakitty 发表于 2021-7-3 14:51
老师您好，我用这个软件想搜索Si(OH)4和NH3作用的稳定构象，我分别构建了他们各自的xyz文件，放在一起的clu ...

将所有文件转化为Unix格式

librakitty · 发表于 Post on 2021-7-8 16:29:38

coolrainbow 发表于 2021-7-3 22:06
将所有文件转化为Unix格式

好的，我试试，谢谢

haopengyou · 发表于 Post on 2021-7-14 19:29:18

老师您好，我使用软件的isomer和lego功能时在Linux系统上提交任务时发生报错如下 isomer: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (required by isomer)，请问这该怎么解决呢？谢谢！

haopengyou · 发表于 Post on 2021-7-16 09:55:10

老师您好，我在使用isomer模块联用高斯时计算得到的out文件中团簇能量均为NAN，log文件中报错Route card not found. Error termination via Lnk1e in /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l1.exe. 但是在计算范例Al3O4+时可以正常计算，请问这该怎么解决呢？输入和输出文件已上传，请老师指点一下，十分感谢！

abclusterYW_qianc1yw043723776-0.log (3.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

mol.out (6.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

optfile (116 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

mol.inp (299 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

aaq2800 · 发表于 Post on 2022-3-5 08:47:14

haopengyou 发表于 2021-7-16 09:55
老师您好，我在使用isomer模块联用高斯时计算得到的out文件中团簇能量均为NAN，log文件中报错Route card no ...

团簇能量均为NAN，请问这个问题你解决了吗？

philartist · 发表于 Post on 2022-3-5 17:18:31

老师您好，我在安装您开发的ABCluster-3.0版本时遇到“ /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX 3.4.21’ not found”报错，但是按照ABCluster-3.0手册1.5.2节提供的方法并未解决这个问题（如图），请问是否有其他方法解决这个问题，谢谢老师！

coolrainbow · 发表于 Post on 2022-3-5 19:32:51

philartist 发表于 2022-3-5 17:18
老师您好，我在安装您开发的ABCluster-3.0版本时遇到“ /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX 3.4. ...

ldd atom看看它的库
nm /usr/lib64/libstdc++.so.6 看看里面的GLIBCXX都是什么版本

philartist · 发表于 Post on 2022-3-5 21:48:39

本帖最后由 philartist 于 2022-3-5 21:51 编辑

coolrainbow 发表于 2022-3-5 19:32
ldd atom看看它的库
nm /usr/lib64/libstdc++.so.6 看看里面的GLIBCXX都是什么版本

老师您好，看上去是GLIBCXX的版本比较低的原因，那我是否应该升级一下GLIBCXX？谢谢老师！（之前也曾经尝试解决这个问题，不过由于自己技术不过关，后来计算机打不开了）

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[建模与可视化] ABCluster已支持搜索表面支撑团簇，配体保护团簇和胶束结构

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