三臂旋转门结构调整助手

smutao · 发表于 Post on 2022-1-21 10:50:42

本帖最后由 smutao 于 2022-3-3 10:53 编辑

三臂旋转门旋转 (英文名: three-arm turnstile rotation) 是金属配位化合物中的一种分子内运动，
但目前可用的化学结构建模工具(如GaussView)中没有可以直接调整这种结构单元的功能。但调整
这种结构单元产生结构变化的初始路径对量子化学建模相当重要。

笔者设计了一个专门调整这种结构变化的PyMOL插件，供有需要者使用。
代码及使用说明地址：https://github.com/smutao/Three-Arm-Turnstile-Assistant
国内访问地址: https://gitlab.com/smutao/Three-Arm-Turnstile-Assistant

smutao · 发表于 Post on 2022-3-3 10:54:04

github访问不了的情况下，可以访问gitlab上的镜像 https://gitlab.com/smutao/Three-Arm-Turnstile-Assistant

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-1-21 11:11:00

这个和pseudo-rotation是不是有什么联系？

smutao · 发表于 Post on 2022-1-23 02:59:13

本帖最后由 smutao 于 2022-1-23 03:02 编辑

zjxitcc 发表于 2022-1-21 11:11
这个和pseudo-rotation是不是有什么联系？

pseudo-rotation的意思是化学结构发生内部的构象变化导致这个结构似乎是发生了整体的旋转 (但实际上并没有)
比如PF5的Berry机理和五元环的puckering

金属配合物中这种内部的结构变化称为 polytopal rearrangement （多面体重组）
意思是配合物的第一配位域的原子或基团发生了相对位置的变化所以不仅限于旋转门运动这一种

感兴趣的话可以关注一下我们的文章
doi.org/10.1021/acs.jctc.9b01274 通过新设计的一套坐标来专门研究多面体重组（目前还未应用）
doi.org/10.1021/acs.inorgchem.0c03418 再探ReH5(PPh3)2(Pyridine)的旋转门机理
doi.org/10.1021/acs.inorgchem.1c03118 在K2ReH9晶体中发现ReH9离子的两种运动机理（手拉手跳舞和旋转门）

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[建模与可视化] 三臂旋转门结构调整助手

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