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[GROMACS] 求助:gromacs如何输出分子质心坐标

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如题,我想用gromacs直接输出分子质心坐标,但是gmx make_ndx没有找到标定分子质心的关键词,有什么办法可以做到这一点么

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发表于 Post on 2021-9-15 15:20:46 | 只看该作者 Only view this author
本来make_ndx就不是干这个的
Multiwfn和VMD都可以给出质心坐标(但如果用的gro文件,而且程序根据原子名没猜对元素,会误判。最好用末列带元素信息的pdb文件当输入文件)
在Multiwfn里进主功能100的子功能21,输入原子序号范围就能计算那部分的质心坐标
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-15 16:34:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-15 15:20
本来make_ndx就不是干这个的
Multiwfn和VMD都可以给出质心坐标(但如果用的gro文件,而且程序根据原子名没 ...

明白了,感谢社长

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发表于 Post on 2021-9-17 10:33:46 | 只看该作者 Only view this author
VMD给出特定分子质心坐标的方法:atomselect top "resid xxx"
measure center atomselect0 weight mass
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发表于 Post on 2022-3-7 16:40:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-15 15:20
本来make_ndx就不是干这个的
Multiwfn和VMD都可以给出质心坐标(但如果用的gro文件,而且程序根据原子名没 ...

老师,您好!我是gromacs的初学者,我想做一个纯溶剂体系的Bulk solvent-solvent center-of-mass RDFs时遇到相似问题,所以借楼请教您一下。我的体系是800个二丁胺分子,为了做质心的RDF曲线,我想知道800个分子(22400个原子)的质心位置,便于定义组。我在Linux下用Multiwfn,按您这个回答输入,最后输入1-22400,出现了forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred 这样的问题,就直接退出来了,也没有生成任何文件,希望您能指导一下,不胜感激!

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发表于 Post on 2022-3-7 18:14:28 | 只看该作者 Only view this author
AiYuqing22 发表于 2022-3-7 16:40
老师,您好!我是gromacs的初学者,我想做一个纯溶剂体系的Bulk solvent-solvent center-of-mass RDFs时 ...

大概率没按照Multiwfn手册2.1.2节的说明正确安装
如果你100%确信你正确安装了,尝试Windows版,还不行就把文件压缩后上传
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-3-7 18:43:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-7 18:14
大概率没按照Multiwfn手册2.1.2节的说明正确安装
如果你100%确信你正确安装了,尝试Windows版,还不行就 ...

谢谢您的解答。

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