结合gentor利用schrodinger python api进行快速二维二面角扫描

wangzhehyd

演示分子为ACE-ALA-NME.xyz，结构如下图所示

ACE-ALA-NME.xyz (829 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

2022-3-5 16:51 上传 Uploaded

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ln -s ACE-ALA-NME.xyz mol.xyz

gentor.ini 设置如下
2-1
e5
2-3
e5


./gentor

    5184 conformations were originally generated
      89 conformations did not pass check
Successfully generated  5095 conformations have been exported to traj.xyz in current folder

在生成的traj.xyz文件中包含了5095个有效构象


用openbabel将xyz格式转为sdf格式，以便schrodinger能识别
obabel -ixyz traj.xyz -osdf -O traj.sdf

基于schrodinger python api进行目标二面角限制的分子力学结构优化后，并在OPLS4力场下计算构象能量
run opls_energy.py traj.sdf

opls_energy.py (1.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

2022-3-5 17:06 上传 Uploaded

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生成traj_opls_energy.sdf文件，其中包含了优化后的构象结构，当前构象的能量以及对应的两个二面角值。
可从sdf中提取能量和二面角数据用于作图。也可以去掉opls_energy.py中第10和29两行的注释，在运行是直接打印能量和二面角数据，将其重定向到一个文件，比如run opls_energy.py traj.sdf > data.csv。

最后用plotly作图三维图
python plotly_surface.py data.csv
生成plotly_surface.html，用浏览器打开可以动态查看。
plotly_surface.py (1.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

2022-3-5 17:09 上传 Uploaded

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greatzdk

为什么3D图中有一片缺口？是没扫到吗？
为什么用schrodinger的opls4？gromacs可以用opls4嘛？

wangzhehyd

greatzdk 发表于 2022-3-7 09:58
为什么3D图中有一片缺口？是没扫到吗？
为什么用schrodinger的opls4？gromacs可以用opls4嘛？

缺口是gentor生成初始构象的时候排除一部分不合理构象导致的
opls4加密的，其他程序应该用不了。