求助：电场下含阴离子表面活性剂的油滴迁移问题

qzupc · 发表于 Post on 2022-3-9 11:02:45

各位老师好，我最近在用gromacs做电场下含有阴离子表面活性剂SDS的油滴迁移模拟，周围是水分子，如果只使用周期性边界条件现象是正常的，我想体现出在电极上的沉积和润湿现象，就在左侧加了一个Au原子组成的平板，md过程将平板冻结目的用于挡住液滴，但现在跑完md之后左液滴正常沉积了，右液滴迁移到一定距离之后不继续向左迁移（中间没有真空层），请问这是什么原因呢，谢谢各位老师！图一是没加金属板的情况，图二是加金属板的情况

，尝试过在左右两侧都加Au原子平板和z方向加wall，但是效果都不理想，希望各位老师帮忙解答一下，非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-9 22:04:47

也许是静电作用达到了平衡，导致电场没法给右侧液滴驱动力继续往左移动
本身左边已经沉积的部分有很多带负电荷的磺酸基了，会对右边液滴的磺酸基有静电互斥。而且左边的钠离子都整体跑到右边去了，静电吸引也导致表面带负电的右边液滴不容易继续往左移动。

qzupc · 发表于 Post on 2022-3-10 10:12:41

sobereva 发表于 2022-3-9 22:04
也许是静电作用达到了平衡，导致电场没法给右侧液滴驱动力继续往左移动
本身左边已经沉积的部分有很多带负 ...

谢谢社长的回复，我理解了您的意思，但是一开始是左右液滴的迁移和变形趋势是一致的，大概到了左液滴沉积稳定的时候右液滴就好像“不受电场力作用了”，这是不是左边加的Au平板太厚了屏蔽了一定的电场？我设置的是12×80×80埃的，盒子尺寸是240×80×80埃的
另外我试过加wall的命令，结果md之后盒子一直体积不稳定，而且加了很低的电场强度液滴就破碎了，这和不加wall的情况差别很大，社长您有什么好的建议吗，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-10 21:58:22

qzupc 发表于 2022-3-10 10:12
谢谢社长的回复，我理解了您的意思，但是一开始是左右液滴的迁移和变形趋势是一致的，大概到了左液滴沉积 ...

Au板不会屏蔽电场
每个原子感受到的外加电场都是相同的

qzupc · 发表于 Post on 2022-3-10 23:13:20

sobereva 发表于 2022-3-10 21:58
Au板不会屏蔽电场
每个原子感受到的外加电场都是相同的

那为什么不加板的时候两个液滴就会正常迁移变形也不会平衡呢？是因为可以一直沿x方向周期性边界条件穿过去吗，我有考虑过把盒子x方向设的很大，但那样最多只是出现左右液滴变形后“首尾相连”，不会模拟出沉积、聚结这种现象，社长您有什么好的建议吗？非常感谢您百忙之中抽空回复

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[GROMACS] 求助：电场下含阴离子表面活性剂的油滴迁移问题

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