edr能量分析时设3个能量组和2个能量组的结果为什么不同

killua1

老师好，问题背景如下：

1.体系中包含4种物质，分别为蛋白Protein，水溶剂SOL，抗衡离子NA，均匀分散在水中的另一种小分子物质PU7

2.通过coulombtype = cut-off的方式计算相互作用，具体操作步骤如下

# 首先修改mdp文件，包括将（1）coulombtype改为cut-off，（2）设置能量检测组，（3）修改rcoulomb和rvdw为接近盒子最短边长一半的值

# 利用修改之后得到的mdp文件生成新的tpr文件：md_cutoff.tpr

gmx grompp -f md_cutoff.mdp -c npt.gro -r npt.gro -tnpt.cpt -p topol.top -o md_cutoff.tpr -maxwarn 1

# 利用新的tpr文件生成复合物索引组

gmx make_ndx -f md_cutoff.tpr -o prolig.ndx

# 导出复合物的轨迹：选择复合物组

gmx trjconv -f md.xtc -s md_cutoff.tpr -n prolig.ndx -oprolig.xtc

# 生成只包含复合物的tpr文件

gmx convert-tpr -s md_cutoff.tpr -n prolig.ndx -oprolig.tpr

# rerun一下轨迹

gmx mdrun -s prolig.tpr -rerun prolig.xtc -e prolig.edr

# 生成能量数据

gmxenergy -f prolig.edr -o energy_results.xvg
3.想要分析蛋白Protein，水溶剂SOL，均匀分散在水中的另一种小分子物质PU7，这3种物质的相互作用情况


问题如下：
1.为什么设置energy_grps = Protein SOL PU7三个能量组时，Protein与SOL，Protein与PU7，SOL与PU7的LJ-SR：Protein-SOL和Coul-SR：Protein-SOL均有结果，而设置两个能量组时却是0？

而设置 energy_grps = SOL PU7两个能量组时，SOL与PU7的LJ-SR：SOL-PU7和Coul-SR：SOL-PU7均是0

设置 energy_grps = Protein PU7两个能量组时，Protein与PU7的LJ-SR：Protein-PU7和Coul-SR：Protein-PU7也是0

设置 energy_grps = Protein SOL结果倒是正常，LJ-SR：Protein-SOL和Coul-SR：Protein-SOL与3个能量组的结果基本一致，仅有个位数差别。


2.下图中 “rest”指的是什么，这个体系里已经去除了其他不需要的物质的轨迹，例如Protein与SOL的就只有它俩的轨迹，Protein与PU7的就只有它俩的轨迹。按说体系里只有我保留的两种物质，那“rest”是什么呢？而且rest的能量结果并不是0。在gromacs手册和社区论坛都没有搜到相关知识，恳请老师解答，谢谢！

sobereva

没有任何必要产生只包含复合物的tpr和轨迹
直接在原本mdp上设置好能量组、产生整体的tpr、rerun原本整体的轨迹就完了

Arkin

1.为什么设置energy_grps = Protein SOL PU7三个能量组时，Protein与SOL，Protein与PU7，SOL与PU7的LJ-SR：Protein-SOL和Coul-SR：Protein-SOL均有结果，而设置两个能量组时却是0？

你可以用

1. gmx dump -e prolig.edr > prolig-edr.txt

复制代码

看一下能量文件里是不是正确的包含了计算所选的组。
同样的，在

1. -rerun

复制代码

之前，你可以用

gmx dump -s prolig.tpr > prolig-tpr.txt

，搜 "grpname" 看看是不是正确的建立了对应的计算组。

2.下图中 “rest”指的是什么

"rest" 是 "restraint"，如果你是用

gmx pdb2gmx

生成的 拓扑文件，并且把 [position_restraints] 包含进去了，就会有这个特殊的组。

killua1

sobereva 发表于 2023-7-5 05:27
没有任何必要产生只包含复合物的tpr和轨迹
直接在原本mdp上设置好能量组、产生整体的tpr、rerun原本整体的 ...

好的，非常感谢sob老师！

killua1

Arkin 发表于 2023-7-5 16:37
你可以用  看一下能量文件里是不是正确的包含了计算所选的组。
同样的，在  之前，你可以用 ，搜 "grp ...

谢谢Arkin老师回复！我按照您说的看了一下，结果如下：
1.edr能量文件里能量组的选项与gmx energy时看到的选项是一致的，应该是正确设置了的，下图是以能量组设置Protein PU7为例

2.tpr文件里我想您指的应该是grp[Energy Mon.]这个选项，也是正确设置了的，下图是以能量组设置Protein SOL为例，正确包含了Protein和SOL，并且含有您说的rest这个组。其他组tpr文件的grp[Energy Mon.]的设置也都与能量组设置的一致，同时含有rest这个组。而grpname （23）的内容则与index.ndx的组名是一致的，无论能量组设置的是什么，或不设置能量组，都包含了23个。

3.关于rest的含义，谢谢您的指导！