自己组装服务器主要跑MD，大家看看我的配置合理吗(已完结)

Feltonbaby · 发表于 Post on 2021-12-25 23:11:25

本帖最后由 Feltonbaby 于 2021-12-28 20:53 编辑

服务器配置最终版已敲定，感谢各位大神的解答！

图中价格为我找的一家代理商给的报价（因为好走报销程序），仅供参考！！！

abin · 发表于 Post on 2021-12-26 12:24:42

自然造价这么高了,
额外一个120GB硬盘, 单独做系统.

现有的PM9A1, 仅仅用来做读写, 比如放在 /tmp

配置一个8TB 或者 16TB机械, 用来存数据.
记忆中, MD的轨迹比较大, 来一个大容量机械比较合理.

如果90%以上的计算, 都是在跑GPU,
可以不用这么高配置的CPU.

内存量, 根据自己的应用场景搭配吧.

建议加装slurm调度, 就不用考虑CPU GPU之类的绑定事宜了.

牧生 · 发表于 Post on 2021-12-26 15:45:20

固态2T了，我觉得机械盘可以在以后考虑

同意“如果90%以上的计算, 都是在跑GPU,可以不用这么高配置的CPU.”

如果主要是自己用，倒不必装slurm调度。在开启超线程情况下，如果两个任务，分别指定了GPU，且指定使用的CPU核数之和小于总线程数，聪明的gromacs已经可以自动去调节CPU的核心，一般不会冲突，我自己也没遇到过跨核导致效率下降的问题。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2021-12-27 16:32:24

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2021-12-27 16:34 编辑

8375C应配3200MHz内存。
内存用不到单条32GB，“主要跑MD”。
FC140不支持LGA4189，不知你怎么想的，这小小的铜底能盖8375C？再者，FC140如此巨大的体积，能装2个？老老实实去找LGA3647/LGA4189专用散热器。
自己组机器，硬盘建议上JD自营买浦科特M10P，蹲秒杀价2199，各方面性能都比PM9A1强，性价比极高，还有JD售后保障。
你预算这么多，甚至可以买Intel D7 P5510 3.84TB，4500左右拿下，数据中心盘和消费级盘的性能、耐用度完全不在一个层次。
另，MD机器用8375C带3080Ti属实浪费，这CPU估计足够带动未来浮点性能再翻一倍的4090。3080Ti用W-3175X带就足够，缺点是只能组单路，不能让2张卡跑一个任务。

wolfli369 · 发表于 Post on 2021-12-27 19:01:10

双路xeon 8375C支持3200MHz的16根内存，就不要2666的了。FC140能配置4189的扣具吗？还有就是能压制TDP300W吗？

Feltonbaby · 发表于 Post on 2021-12-27 20:38:10

wolfli369 发表于 2021-12-27 19:01
双路xeon 8375C支持3200MHz的16根内存，就不要2666的了。FC140能配置4189的扣具吗？还有就是能压制TDP300W ...

我这个散热写草率了，后来查了一下FC140确实不行，还是换了猫头鹰的U12-S DX4189。还有我想请教一下内存频率对计算速度的影响大吗

Feltonbaby · 发表于 Post on 2021-12-27 20:54:58

Entropy.S.I 发表于 2021-12-27 16:32
8375C应配3200MHz内存。
内存用不到单条32GB，“主要跑MD”。
FC140不支持LGA4189，不知你怎么想的，这小 ...

多谢回复，您说的对，FC140写草率了确实不适合压这个CPU，我已经老老实实换成了猫头鹰的U12-S。我们这边走公对公转账去京东搞秒杀什么的搞不了。CPU要好一些是因为平时也有Gaussian这样量化程序的需求。还有就是我不是很明白3200MHz比2666MHz的内存对计算的速度有多大的影响？因为换成3200MHz的话预算会涨不少。还有就是P5510这种硬盘在淘宝上买的话买到矿盘的几率大吗？

Feltonbaby · 发表于 Post on 2021-12-27 21:00:01

牧生发表于 2021-12-26 15:45
固态2T了，我觉得机械盘可以在以后考虑

同意“如果90%以上的计算, 都是在跑GPU,可以不用这么高配置的CPU ...

感谢回复，如果用CP2k去跑QM/MM的话，是不是GPU主要起加速作用，还是要CPU也强才可以呀？我想直接到位组个cpu很好的，这样出了MD也可以兼顾其他应用。不知道这样合理吗？

ghost · 发表于 Post on 2021-12-27 21:00:46

Feltonbaby 发表于 2021-12-27 20:54
多谢回复，您说的对，FC140写草率了确实不适合压这个CPU，我已经老老实实换成了猫头鹰的U12-S。我们这边 ...

我觉得内存的频率最起码和cpu的匹配，8375是支持3200的，用3200频率没啥不妥。固态盘我是觉得价格总有个底线，如果比市场价低一半或者更多，那货肯定是有问题的。

ghost · 发表于 Post on 2021-12-27 21:05:12

还有个问题，装两个3080ti的显卡，不碍事吗？

Feltonbaby · 发表于 Post on 2021-12-27 21:18:41

ghost 发表于 2021-12-27 21:05
还有个问题，装两个3080ti的显卡，不碍事吗？

啊，请问两块显卡碍事是指散热还是对整机运行效率有影响？因为这个问题我看到有不少人说双路CPU最好配两张显卡，因为PCI总线拓扑的原因，总会有一个CPU和另一个PCI设备通讯延迟高从而导致并行效率下降。

wolfli369 · 发表于 Post on 2021-12-27 21:53:11

Feltonbaby 发表于 2021-12-27 20:38
我这个散热写草率了，后来查了一下FC140确实不行，还是换了猫头鹰的U12-S DX4189。还有我想请教一下内存 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-109-1-1.html这里面讨论了内存频率对运行性能的影响

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2021-12-27 22:14:30

Feltonbaby 发表于 2021-12-27 21:18
啊，请问两块显卡碍事是指散热还是对整机运行效率有影响？因为这个问题我看到有不少人说双路CPU最好配两 ...

3080Ti发热很大，实际安装最好给每张卡4个PCIe空间，这需要很大的机箱来支持。注意查一下主板手册，分别插到两颗CPU引出的PCIe x 16接口上，可以实现一颗CPU管一块GPU的效果

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2021-12-27 22:32:43

Feltonbaby 发表于 2021-12-27 20:54
多谢回复，您说的对，FC140写草率了确实不适合压这个CPU，我已经老老实实换成了猫头鹰的U12-S。我们这边 ...

2666换到3200，内存带宽提升20%，在并行度高时差距就明显了。DDR4 3200MHz ECC-RDIMM 16GB内存市价500左右，16根就是8000，都不到1颗CPU的价格。32GB*16是没有必要的，1核分4GB内存就差不多了，又不是量化专用机。

P5510目前还不能被清零，是否矿盘拿来看一下SMART便知。下单前和商家确认是否全新

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2021-12-27 22:39:21

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2021-12-27 22:41 编辑

另，MD轨迹文件普遍很大，2张3080Ti，4TB的SSD肯定是不够的，一刻不停地跑，一个月差不多就满了。建议加1-2块WDC Ultrastar DC HC550 18TB，去TB北京硬盘之家，这个靠谱且便宜，现在价格1915，一直在降价，开票加税点3%，我在那买了n块盘了，有1块因为使用不当坏掉，2周换新到手。非广告

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