求助：Amber如何对轨迹分析蛋白与小分子之间的RMSD？

sun877469558

请问各位，如何分析Amber中蛋白与小分子之间的RMSD？

使用cpptraj -i rmsd.in 输出

parm PRO_solv.prmtop
trajin md.mdcrd
rms protein :1-381@CA= first out rmsd.agr mass
run
parm PRO_solv.prmtop
trajin md.mdcrd
rms ligand :383@CA= first out rmsd.agr mass
run
quit

1-381为蛋白残基，383为小分子，但是这样输出的还是蛋白质骨架的RMSD，与小分子没有关系，请问如何修改呢？

rpestana94

try changing the second file name also there is a space between the name and the extension in the ligand not sure if is a typo or maybe this is the error, also check that the ligand is the 383

sylar

小分子有CA原子吗？你的第二个会覆盖掉第一个RMSD输出，改一下输出文件名字

sun877469558

rpestana94 发表于 2022-4-14 04:42
try changing the second file name also there is a space between the name and the extension in the li ...

Thank you for your reply. I found the reason. Since residue 383 is a small molecule and it is a non-standard residue, it may not be able to use “CA” to represent C-alpha atom, because there is no error in the command after I delete “CA”

sun877469558

sylar 发表于 2022-4-14 10:34
小分子有CA原子吗？你的第二个会覆盖掉第一个RMSD输出，改一下输出文件名字

应该是有CA原子呀，但是我把CA改为C，就不报错了，输出得人图片文件也不会覆盖，他会将两次的曲线输出到同一张文件中，分别protein和ligand的RMSD，但这并不是我想要的，我想要的是类似于gmx中rmsd分析（gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_lig.xvg），第一次选group backbone，第二次选小分子，这样得到小分子相对于蛋白质骨架的rmsd，所以不知道Amber中如何实现

Frozen-Penguin

sun877469558 发表于 2022-4-15 16:13
应该是有CA原子呀，但是我把CA改为C，就不报错了，输出得人图片文件也不会覆盖，他会将两次的曲线输出到 ...

可以把轨迹输出成xtc文件并保存一个pdb文件，然后直接用gromacs算。
amber也可以算这个，先用align把轨迹按照骨架对齐，然后计算rmsd的时候选择小分子，并加上nofit，这样就不会按照小分子对齐了。

sun877469558

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-16 11:53
可以把轨迹输出成xtc文件并保存一个pdb文件，然后直接用gromacs算。
amber也可以算这个，先用align把轨 ...

谢谢，改gmx算还是蛮方便的

sun877469558

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-16 11:53
可以把轨迹输出成xtc文件并保存一个pdb文件，然后直接用gromacs算。
amber也可以算这个，先用align把轨 ...

请问，有些分析会用到tpr文件，这个文件有没有办法从amber得到，或者以哪种格式文件转化得到？

Frozen-Penguin

sun877469558 发表于 2022-4-19 12:25
请问，有些分析会用到tpr文件，这个文件有没有办法从amber得到，或者以哪种格式文件转化得到？

tpr文件包含gro文件top文件和mdp文件中的信息，如果分析只要用到坐标信息，用gro或者pdb代替tpr文件即可，如果分析与模拟过程中的细节相关（例如伞型采样的分析），就只能用gromacs做模拟之前产生的tpr文件，好像没有转化的方法，因为不同软件模拟的很多细节不一样。