关于150个原子的沥青质分子结构优化的问题

qq1020935287 · 发表于 Post on 2022-4-27 20:21:31

各位老师好，我想优化一个150个原子大小的沥青质分子，因为侧链多且长，用b3lyp/6-311G**总收敛不了，目的是想拿结果拟合RESP来做GMX动力学，请问老师们我应该怎么解决

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-4-27 21:10:20

加色散校正和溶剂模型了吗？

牧生 · 发表于 Post on 2022-4-27 21:20:34

本帖最后由牧生于 2022-4-27 21:29 编辑

在服务器上，150个原子还是能跑得动啊。且强烈推荐无脑上懒人脚本，简单方便不会错，如果需要保留优化后的结果，自行注释最后的rm 那行就可以了

http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html

qq1020935287 · 发表于 Post on 2022-4-27 22:15:32

wzkchem5 发表于 2022-4-27 21:10
加色散校正和溶剂模型了吗？

用的是D3校正，没有加溶剂模型呢，加SMD模型可以吗

qq1020935287 · 发表于 Post on 2022-4-27 22:16:21

牧生发表于 2022-4-27 21:20
在服务器上，150个原子还是能跑得动啊。且强烈推荐无脑上懒人脚本，简单方便不会错，如果需要保留优化后的 ...

抱歉没说明白，用的是gaussian呢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-4-27 23:24:39

qq1020935287 发表于 2022-4-27 15:15
用的是D3校正，没有加溶剂模型呢，加SMD模型可以吗

从精度角度讲可以，但是从收敛难度角度讲，建议用PCM。
如果一个本来只在溶液里存在的物种，计算的时候不加溶剂的话，分子的取代基就会想要蜷曲在一起，收敛不了可能就是因为这个蜷曲的过程占用了很多迭代步数。当然这种情况下即便收敛了，结果也是不准确的，因为不能代表溶液相里的稳定构象

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-28 06:02:09

把结构截个图，最好直接上传输入文件，否则初始结构离谱或者输入文件有严重硬伤别人也不知道，回答可能都是白回答

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