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[新手求助] 带电分子应该在溶剂化条件下进行一系列计算吗?

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各位前辈,我在做一个带正电的分子几何优化时(如图)是否要在溶剂化条件下进行呢?谢谢各位指点!

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-5-1 13:33:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-5-1 15:25 编辑

个人经验,有些分子柔性大,带不带溶剂模型的构型或构象差了不少,你不放心就加溶剂模型。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-1 13:39:23 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-5-1 13:33
个人经验,有些分子柔性大,带不带溶剂模型的构型差了不少,你不放心就加溶剂模型。

谢谢您的回复!因为我在计算这个分子时,加溶剂模型与否,几何结构是有区别的,因此在考虑带电体系是否必须加溶剂模型。

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发表于 Post on 2022-5-1 15:22:57 | 只看该作者 Only view this author
你先说清楚你当前研究的这个体系所处的实际状态是什么
如果是溶剂中的,至少带着隐式溶剂模型优化

仔细看此文
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2022-5-1 15:28:04 | 只看该作者 Only view this author
876449830 发表于 2022-5-1 06:39
谢谢您的回复!因为我在计算这个分子时,加溶剂模型与否,几何结构是有区别的,因此在考虑带电体系是否必 ...

做频率计算了吗?联苯应该是非平面结构,如果初猜摆成平面结构,有一定概率会优化得到C-C二面角扭转的过渡态,而非极小值点。可能你加溶剂和不加溶剂恰好有一个优化到了这个过渡态,另一个优化到了极小值点,所以结构才不同
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-1 19:01:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-1 15:28
做频率计算了吗?联苯应该是非平面结构,如果初猜摆成平面结构,有一定概率会优化得到C-C二面角扭转的过 ...

谢谢您的回复!这个是有二面角的,无论加溶剂与否,都没有虚频,只是二面角大小不同。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-1 19:02:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-1 15:22
你先说清楚你当前研究的这个体系所处的实际状态是什么
如果是溶剂中的,至少带着隐式溶剂模型优化

谢谢卢老师回复!目的是将这个带+2价的分子插层到钙钛矿中,现在要优化这个分子的结构,然后再插层进去。

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