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[GROMACS] 如何生成gromacs中oplsaa力场下的氧化碳纳米管的力itp文件

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各位大佬,小弟请教一个问题。最近阅读了sob老师一篇gromacs中利用x2top命令生成碳纳米管的itp文件的方法(附上sob老师的原链接:使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com))。小弟仿照此方法想生成了一个羟基氧化的碳纳米管的oplsaa力场的itp文件。通过写n2t文件寻找成键的对应关系,通过已知蛋白中含有苯环和-OH的itp文件设置羟基氧化的碳纳米管中的碳原子类型和-OH原子类型。使用的命令为gmx x2top -f  x2top -f CNT-OH.gro -o CNT-OH.top -nopbc -ff oplsaa -name CNTOH -nice 0。提示总是报错,氧原子和氢原子无法找到力场。(这里简单起见只加了一个-OH验证)。请教一下各位大佬这是什么原因?是opls力场中没有这个成键信息吗,还是说n2t文件的书写不对?



202205021644408455..png (7.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

键信息没有找到图1:报错信息(仅有这两个成)

键信息没有找到图1:报错信息(仅有这两个成)

202205021641124875..png (42.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

图2:一个带有苯酚的蛋白已知的力场文件

图2:一个带有苯酚的蛋白已知的力场文件

202205021639423725..png (7.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

图3:我建模的羟基氧化的CNT

图3:我建模的羟基氧化的CNT

202205021634549305..png (10.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

图4:我的n2t文件,前两行为CNT上的C,后三行为羟基和羟基所连的C,原子类型仿照图2中已知的i苯酚的itp文件

图4:我的n2t文件,前两行为CNT上的C,后三行为羟基和羟基所连的C,原子类型仿照图2中已知的i苯酚的itp文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-2 17:07:23 | 只看该作者 Only view this author
各位大佬不好意思,小弟知道错误了,最后的OH我的距离输错了,应该是nm的单位要除以10,打扰各位了。

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