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[GROMACS] OPLS-AA力场二面角拟合的问题

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      小弟通过高斯的柔性扫描计算了某个寡聚物的二面角,但发现通过高斯计算出的能量都是负数。而charm力场其二面角能都是正数(图1),小弟猜测charm是调整了能量的基线,导致计算出的能量都是正数,因此想看看OPLS-AA力场是否也是正数,随机挑选了几个力场参数计算了能量曲线后(图2, 图3),总结出了几条OPLS-AA二面角参数可能的特性       1. 在0度和360度时能量为零
       2. 能量可正可负
       因此,小弟想知道以下几点
       1. 拟合OPLS-AA的二面角时,是否首先需要增加基线使得0度和360度二面角能为零
       2. 基线是否有物理意义,例如我基线取较大能量和取较小能量对系统的微观状态分布是否有影响



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图1 charm力场

图1 charm力场

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图2 OPLS-AA demo 1

图2 OPLS-AA demo 1

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图3 OPLS-AA demo 2

图3 OPLS-AA demo 2
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2#
发表于 Post on 2022-5-3 06:38:15 | 只看该作者 Only view this author
先搞清楚能量的零点是什么
量化程序算的能量的零点在此文说了
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html

对量化程序扫描得到的势能曲线做力场扭转势的拟合,除了要先扣除当前模型体系中其它力场项对势能曲线的影响外,还要把最低点平移到Y=0的位置
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