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[其它程序] zeo++可视化图的问题

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请问有大佬有做过zeo++的可视化vmd图吗,我做出来的感觉没有文献中的那种立体感,请问有人知道是什么原因吗(我做的是下面这张图

202312211124072056..png (258.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 49)

202312211124072056..png

202312211122591661..png (67.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

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发表于 Post on 2023-12-22 01:51:02 | 只看该作者 Only view this author
可以用Multiwfn+VMD/VESTA,效果很好
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 11:34:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-22 01:51
可以用Multiwfn+VMD/VESTA,效果很好
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http ...

好的sob老师,非常感谢,我现在去试试

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发表于 Post on 2023-12-24 02:03:40 | 只看该作者 Only view this author
zeo++中的zeovis,当我将network.exe复制到vmd目录下。在zeovis目录下运行vmd -e ZeoVis.tcl,输入指定路径下的cssr结构文件。但是没有在打开的vmd中载入任何图像,有一行提示是:child process exited abnormally.楼主您有遇到过这个问题吗。
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-26 14:28:02 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2023-12-24 02:03
zeo++中的zeovis,当我将network.exe复制到vmd目录下。在zeovis目录下运行vmd -e ZeoVis.tcl,输入指定路径 ...

1 win版本的vmd使用zeovis的tcl可能会出现bug,我的vmd1.9.3没法正常运行,后使用ubuntu的linux版本解决
2 也可能是cssr文件的问题,我用的是cif文件没有这种问题

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发表于 Post on 2024-1-5 14:51:31 | 只看该作者 Only view this author
wanzongliang 发表于 2023-12-26 14:28
1 win版本的vmd使用zeovis的tcl可能会出现bug,我的vmd1.9.3没法正常运行,后使用ubuntu的linux版本解决
...

非常感谢大佬。我也是在centOS系统上解决的,zeovis估计只能在Linux系统中适用。
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发表于 Post on 2024-4-4 10:41:12 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2024-1-5 14:51
非常感谢大佬。我也是在centOS系统上解决的,zeovis估计只能在Linux系统中适用。

您好,请问我在Linux上面运行zeovis,没有显示任何错误,但是VMD还是没有图像,请问这个是咋回事呢?

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发表于 Post on 2024-7-5 09:46:59 | 只看该作者 Only view this author
Alan123 发表于 2024-4-4 10:41
您好,请问我在Linux上面运行zeovis,没有显示任何错误,但是VMD还是没有图像,请问这个是咋回事呢?

同问,你解决了吗

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发表于 Post on 2024-12-26 21:29:47 | 只看该作者 Only view this author
wanzongliang 发表于 2023-12-26 14:28
1 win版本的vmd使用zeovis的tcl可能会出现bug,我的vmd1.9.3没法正常运行,后使用ubuntu的linux版本解决
...

你好,可以教我一下具体的zeovis脚本VMD可视化步骤吗,我试了好多次都显示
无法删除 'ZeoVisInput.zvis': 没有那个文件或目录

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发表于 Post on 2024-12-26 21:31:57 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2024-1-5 14:51
非常感谢大佬。我也是在centOS系统上解决的,zeovis估计只能在Linux系统中适用。

你好,可以教我一下具体的zeovis脚本VMD可视化步骤吗

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发表于 Post on 2024-12-27 15:08:04 | 只看该作者 Only view this author
Alan123 发表于 2024-4-4 10:41
您好,请问我在Linux上面运行zeovis,没有显示任何错误,但是VMD还是没有图像,请问这个是咋回事呢?

同问,你解决了吗

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发表于 Post on 2025-2-15 22:06:21 | 只看该作者 Only view this author
aerogel 发表于 2024-12-26 21:31
你好,可以教我一下具体的zeovis脚本VMD可视化步骤吗

在zeovis目录下有一个文件README,里面有详细的过程
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基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
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