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[xtb] 使用Gaussian+xtb方法计算IRC和单点能问题

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本人使用Sob老师Gaussian+xtb的方法对一个含有Fe体系的Cluster做了过渡态结构优化,之后做了freq和IRC分析。

之后我从IRC上取了7个点,分别是TS点,两端的点,还有4个线段上的点,对他们是单点能计算。用的都是GN1-xTB的方法去做opt,freq,IRC。取的7个点也是用的同样的方法。

但是算出来的能量和IRC的对不上。IRC在计算时候加了calcall。之后试着用cp2k的xtb方法也算了同样的单点。还有m06/Def2TZVP,Fe用SDD。

疑问:1)IRC的数据为什么和单独拿出来去算单点能的数据差那么多。(第三个点是TS,结果能垒都不见了)



          2)GN1-xTB的方法是不是对FE的预测不太准确。

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对比

对比

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IRC

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-20 22:50:59 | 只看该作者 Only view this author
知道原因了。

1)Gaussian+xtb 里面用的是GFN2-xTB的level,我自己在从IRC取点之后用的是GFN1-xTB算的,之后用cp2k去算Energy,是用Multiwfn生成的inp文件,算出来的能量和用xtb的GFN1-xTB下的能量一直。这里有有个疑问,cp2k里面的xTB方法能不能达到GFN2-Xtb呢?还是默认的GFN1-XTB。
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发表于 Post on 2022-5-21 03:57:50 | 只看该作者 Only view this author
yjb 发表于 2022-5-20 22:50
知道原因了。

1)Gaussian+xtb 里面用的是GFN2-xTB的level,我自己在从IRC取点之后用的是GFN1-xTB算的, ...

不支持GFN2-XTB
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-21 09:46:33 | 只看该作者 Only view this author

非常感谢老师!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-21 11:19:02 | 只看该作者 Only view this author

老师能否让cp2k和xTB程序连起来让cp2k可以用GFN2-xTB。
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发表于 Post on 2022-5-22 00:48:04 | 只看该作者 Only view this author
yjb 发表于 2022-5-21 11:19
老师能否让cp2k和xTB程序连起来让cp2k可以用GFN2-xTB。

不能。
而且本来从统计误差来看,GFN2-xTB比GFN1-xTB也没明显优势
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-22 14:11:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-22 00:48
不能。
而且本来从统计误差来看,GFN2-xTB比GFN1-xTB也没明显优势

老师,我的体系是Fe+配体小分子和附近残基,我看了Grimme关于XTB的文章,他里面说到‘It should, however, be clear that this treatment provides bad and even qualitatively incorrect energetic splittings for states of different multiplicity, that is, GFNn-xTB Hamiltonians will always favor low-spin configurations.’ 对于高自旋可能会不好,学生想用DFTB再尝试算一下,但是苦于cp2k好像对于DFTB里面对于Fe的参数好像缺失,不知道用DFTB会不会好一些。
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发表于 Post on 2022-5-22 15:01:05 | 只看该作者 Only view this author
算过渡金属配合物体系,能不用GFN-xTB,尽量别用,用DFT多香……
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-22 20:59:22 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2022-5-22 15:01
算过渡金属配合物体系,能不用GFN-xTB,尽量别用,用DFT多香……

我是跑一个protein体系,里面有金属,把配体小分子和Fe还有附近残基设为QM,跑一个长时间的QM/MM MD。用DFT跑不了那么长时间啊。
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发表于 Post on 2022-5-23 00:40:47 | 只看该作者 Only view this author
yjb 发表于 2022-5-22 20:59
我是跑一个protein体系,里面有金属,把配体小分子和Fe还有附近残基设为QM,跑一个长时间的QM/MM MD。用D ...

起码用DFT验证一下,比如跑一段轨迹,对其中一些帧用DFT和GFN-xTB算相对能量,以及不同自旋态的能量差,看吻合程度等
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-23 10:19:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-23 00:40
起码用DFT验证一下,比如跑一段轨迹,对其中一些帧用DFT和GFN-xTB算相对能量,以及不同自旋态的能量差, ...

老师,这是从轨迹里面抓的一点算的单点能量的对比。自旋是5.

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