用VMD计算两个结构之间的RMSD分子取向是如何定义的？

lhl · 发表于 Post on 2022-5-24 11:13:38

想请教一下各位老师，用VMD计算两个结构之间的RMSD分子取向是如何定义的？两个结构的坐标信息导入以后align，是如何实现最小化两个结构之间的RMSD的？比如，一个分子是给体-受体型分子，两个结构如果是all align,发现给体的构型差异大，但是当设置给体部分align以后，发现受体的构型差异大，想问一下各位老师，VMD中align的判断依据或者叠合机理是什么？感谢各位老师。

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-5-24 13:27:04

本帖最后由 zjxitcc 于 2022-5-24 13:28 编辑

就是常见的Kabsch算法。首先将2个结构平移至同一中心（一般是几何中心，你想改成质心也没太大问题），然后旋转至最大重叠（这是算法里比较有技巧的部分），最后根据公式（坐标差的平方和/原子数，开根号，就是统计学知识）算RMSD。这里有详细推导和介绍《RMSD计算中的Kabsch算法简介》

设置部分原子进行对齐，就是字面上的意思，只比较给定范围的原子。待给定范围原子满足最大重叠后，其他原子伴随其旋转。源码网上有很多，例如我自己就写过一个https://gitlab.com/jxzou/rmsd

lhl · 发表于 Post on 2022-5-24 13:47:15

zjxitcc 发表于 2022-5-24 13:27
就是常见的Kabsch算法。首先将2个结构平移至同一中心（一般是几何中心，你想改成质心也没太大问题），然后 ...

谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-25 06:15:52

align算法在这里有清楚的说明
http://nghiaho.com/?page_id=671

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[VMD] 用VMD计算两个结构之间的RMSD分子取向是如何定义的？

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