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[Gaussian/gview] 高斯新手求助任务提交的问题

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我根据网上的教程和Multiwfn想尝试计算一个有机分子的拉曼光谱,但是对高斯基本没有接触过,但是对服务器提供的提交任务的脚本有些迷茫。1对于任务提交脚本上的内容,我应该用什么格式的输入文件?是com还是其他的也可以?
2然后输出文件里,没有看明白到底有没有计算成功?
3如果计算成功的画,是不是用Multiwfn就可以直接画出Raman的图?
4.还想问一个题外的问题,cp2k是否可以通过aimd计算VDOS,这个VDOS可不可以转化成拉曼光谱?
谢谢各位老师。

以下是我的输入文件,输出的log文件,还有伴随的输出文件:


drag.com

1.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

drag.log

74.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

g09.bsub

1.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

G09.e-380654

87 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2022-6-3 14:46:21 | 只看该作者 Only view this author
在提问之前,先自己打开输出文件看报错信息
Allocation failure for numerical quadrature.
这已经说得很清楚了,因为内存不足,无法分配足够多的内存用来计算数值积分。但是这个主要不怪你机子内存不够,而是怪高斯不适合算周期性体系。要么改用簇模型,要么改用CP2K做计算。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-6-3 14:51:17 | 只看该作者 Only view this author
1 Gaussian只看文件内容,不看后缀。习俗上用gjf(Gaussian job file)为后缀

2 末尾没normal termination就是没算完或者中途报错

3 是。下文明确给了例子
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224

4 CP2K跑的AIMD结合travis可以得到凝聚相体系的拉曼光谱。如果只需要某分子在气相,或者在特定溶剂中的拉曼光谱,用Gaussian就够了。就算获得某种分子纯物质的拉曼光谱,大多也可以靠隐式溶剂模型描述周围此类分子。这远比跑AIMD得到拉曼光谱容易、便宜得多得多。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-3 14:53:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-3 14:46
在提问之前,先自己打开输出文件看报错信息
Allocation failure for numerical quadrature.
这已经说得很 ...

谢谢老师回复,我看到这个错误了,但是对高斯基本没有接触过,没有太理解这个。我当时是按照周期性的方式建模,把一个分子放在一个盒子里,老师的意思是这个不能按周期性的模型来建模,是不是只能用gaussianview来建模?有没有什么别的软件也可以用?
老师,那我的输入文件其他部分有什么问题吗?还有老师,G09.e-380654那个文件里说没法复制chk文件,chk不应该是输出文件吗?这个是什么错误?

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发表于 Post on 2022-6-3 14:54:28 | 只看该作者 Only view this author
fly1992 发表于 2022-6-3 14:53
谢谢老师回复,我看到这个错误了,但是对高斯基本没有接触过,没有太理解这个。我当时是按照周期性的方式 ...

那叫GaussView
先搞清楚你要算孤立体系还是周期性体系。输入文件里带TV都说明当成周期性来算,Gaussian算二维、三维周期性体系没实用性。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-3 15:00:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-3 14:54
那叫GaussView
先搞清楚你要算孤立体系还是周期性体系。输入文件里带TV都说明当成周期性来算,Gaussian ...

谢谢社长回复,我想算的是单分子的光谱,这种应该怎么操作?

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发表于 Post on 2022-6-3 15:14:35 | 只看该作者 Only view this author
fly1992 发表于 2022-6-3 15:00
谢谢社长回复,我想算的是单分子的光谱,这种应该怎么操作?

你应当先看一看高斯手册,从最简单的算例开始学习gaussian。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-3 15:17:36 | 只看该作者 Only view this author
876449830 发表于 2022-6-3 15:14
你应当先看一看高斯手册,从最简单的算例开始学习gaussian。

谢谢老师

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发表于 Post on 2022-6-4 01:49:11 | 只看该作者 Only view this author
fly1992 发表于 2022-6-3 15:00
谢谢社长回复,我想算的是单分子的光谱,这种应该怎么操作?

建议好好系统性学学,要不然犯各种低级错误,结果毫无意义都浑然不知
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-7 14:39:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-4 01:49
建议好好系统性学学,要不然犯各种低级错误,结果毫无意义都浑然不知
谈谈学量子化学如何正确地入门
ht ...

谢谢社长,我会好好学一下,基本没有接触过高斯软件,这个也是实验室的同学想看一下分子的拉曼,就想着尝试搞一下

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