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[GROMACS] 求助,gromacs修改lj势参数

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想请教一下有经验的前辈,如果我只是想修改两种原子之间的lj势能参数还需要创建新的用户自定义table文件吗?还是只需要在拓扑文件里修改A、C参数就可以那?

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发表于 Post on 2022-5-5 16:53:53 | 只看该作者 Only view this author
只改参数直接改拓扑文件里的sigma/epsilon或者C6/C12就行,如果要改变非键作用的函数形式就需要用table
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发表于 Post on 2022-5-6 13:17:56 | 只看该作者 Only view this author
如果你只想修改这两个原子类型之间的LJ参数,而不希望由于混合规则影响这两种原子类型与其它原子类型的LJ参数,应当用[ nonbond_params ]字段直接指定这俩原子间的LJ参数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-6 18:18:04 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2022-5-5 16:53
只改参数直接改拓扑文件里的sigma/epsilon或者C6/C12就行,如果要改变非键作用的函数形式就需要用table

好的,谢谢前辈

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-6 18:20:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-6 13:17
如果你只想修改这两个原子类型之间的LJ参数,而不希望由于混合规则影响这两种原子类型与其它原子类型的LJ参 ...

好的了解了,谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2022-5-6 20:45:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-6 13:17
如果你只想修改这两个原子类型之间的LJ参数,而不希望由于混合规则影响这两种原子类型与其它原子类型的LJ参 ...

      请问sob老师,如果知道了一个模型在itp文件中涉及的所有参数,直接手写一个模型的itp文件,和利用sobtop新建原子类型添加范德华、键、角等所有参数之后生成的itp文件有什么区别?一直没搞清楚。

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发表于 Post on 2022-5-7 11:49:14 | 只看该作者 Only view this author
五月雨 发表于 2022-5-6 20:45
请问sob老师,如果知道了一个模型在itp文件中涉及的所有参数,直接手写一个模型的itp文件,和利用s ...

体系大了,手写累死,还容易写错
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发表于 Post on 2022-6-7 09:03:35 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2022-5-5 16:53
只改参数直接改拓扑文件里的sigma/epsilon或者C6/C12就行,如果要改变非键作用的函数形式就需要用table

师兄你好,我想问一下,在ffnonbonded.itp文件中atomtypes项中出现的C6和C12是利用该原子自身的sigma/epsilon进行计算得到的吗?

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发表于 Post on 2022-6-7 09:16:15 | 只看该作者 Only view this author
吧唧爱吃糖 发表于 2022-6-7 09:03
师兄你好,我想问一下,在ffnonbonded.itp文件中atomtypes项中出现的C6和C12是利用该原子自身的sigma/eps ...


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发表于 Post on 2022-6-7 15:24:13 | 只看该作者 Only view this author


sob老师,那比如说这个里面是O后面的C6和C12是利用O原子的sigma和epsilon通过公式计算得到的。

那在nonbond_params中,OM      O之间的C6和C12是是通过什么方式得到的那?是先利用混合规则算出OM和O之间的sigma和epsilon,再利用算出来的sigma和epsilon算C6和C12吗?

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发表于 Post on 2022-6-9 07:25:37 | 只看该作者 Only view this author
吧唧爱吃糖 发表于 2022-6-7 15:24
sob老师,那比如说这个里面是O后面的C6和C12是利用O原子的sigma和epsilon通过公式计算得到 ...

看相应的力场原文用的什么混合规则
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