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[Gaussian/gview] Gaussian 优化阳离子结构求助

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楼主
请教各位老师,我在计算阳离子结构时遇到这个问题:该离子的中性分子有12个conformer,我想计算这个最稳定的conformer的阳离子结构,进而进行振动分析,我用最稳定conformer坐标作为阳离子的初始input 构型进行优化,发现优化出来的结构与中性分子相去甚远,这个是否不正常,理论上中性分子和阳离子构型应该不会相差这么多。如果不正常,请问正确进行阳离子结构优化的步骤是什么。此外,离子结构优化后进行的anharmonic振动分析也出现了下面的错误:
“ERROR: Unable to find a satisfactory overlap for state |9(2)>”
“Error termination via Lnk1e in C:\Program Files (x86)\G16\G16W\l717.exe at Sat Jun 11 23:18:17 2022.”


anhar cation.rar

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发表于 Post on 2022-6-13 14:51:29 | 只看该作者 Only view this author
你确定你要研究的对象是你算的阳离子自由基,而不是质子化或者给出孤对电子的阳离子吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-13 15:07:45 | 只看该作者 Only view this author
RAL 发表于 2022-6-13 14:51
你确定你要研究的对象是你算的阳离子自由基,而不是质子化或者给出孤对电子的阳离子吗

谢谢回复。我要研究的是分子电离之后形成阳离子的结构变化,并不是自由基。

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发表于 Post on 2022-6-13 15:11:07 | 只看该作者 Only view this author
LIFzhou 发表于 2022-6-13 08:07
谢谢回复。我要研究的是分子电离之后形成阳离子的结构变化,并不是自由基。

分子电离后形成阳离子,那要么原来的分子是自由基,要么电离后的阳离子是自由基。
注意一个物种是阳离子,并不妨碍它同时也是自由基。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-6-13 15:16:19 | 只看该作者 Only view this author
优化过程和优化中性体系没有任何差别,恰当设置净电荷和自旋多重度就完了。

上传时候别上传chk文件,不仅对回答问题没意义,而且别人没有和你相同的平台相同的Gaussian也根本打不开,白占用论坛空间。就算要传也是传fch/fchk文件。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-13 15:22:46 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-13 15:11
分子电离后形成阳离子,那要么原来的分子是自由基,要么电离后的阳离子是自由基。
注意一个物种是阳离子 ...

学到了,谢谢回复。我计算的体系是属于后者,即电离后阳离子是自由基。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-13 15:28:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-13 15:16
优化过程和优化中性体系没有任何差别,恰当设置净电荷和自旋多重度就完了。

上传时候别上传chk文件,不 ...

谢谢sob老师回复。我的疑惑是怎样确保优化出来的阳离子结构是最稳定构型中性分子对应的阳离子,而不是其他构型对应的阳离子,现在以最稳定的中性分子作为基础优化出来的阳离子结构变化太大,不太合理

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发表于 Post on 2022-6-13 15:37:33 | 只看该作者 Only view this author
LIFzhou 发表于 2022-6-13 08:28
谢谢sob老师回复。我的疑惑是怎样确保优化出来的阳离子结构是最稳定构型中性分子对应的阳离子,而不是其 ...

本来阳离子和中性分子的构型就不是一一对应的,有的中性分子可能并不存在同样构型的阳离子,如果一定要优化它的阳离子就会跑到其他构型,反之亦然。
你这个体系是有实验证据表明阳离子和中性分子的构型一致吗?
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-13 15:37:37 | 只看该作者 Only view this author
LIFzhou 发表于 2022-6-13 15:28
谢谢sob老师回复。我的疑惑是怎样确保优化出来的阳离子结构是最稳定构型中性分子对应的阳离子,而不是其 ...

我在各位大佬之后再补充一句,中性分子和相应阳离子的构型不一定相近,例如NO2是V型的,NO2+是直线型的,当然相近的也有。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-13 19:24:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-13 15:37
本来阳离子和中性分子的构型就不是一一对应的,有的中性分子可能并不存在同样构型的阳离子,如果一定要优 ...

没有实验证明。但之前计算的一个类似的体系,阳离子和中性分子构型很接近,只涉及到C-C键长变化

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-13 19:25:22 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-6-13 15:37
我在各位大佬之后再补充一句,中性分子和相应阳离子的构型不一定相近,例如NO2是V型的,NO2+是直线型的, ...

学到了,谢谢回复。

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