6水合Na+结构优化后只有4个H2O和Na+成键，另外2个H2O和Na+不成键，啥原因？

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-16 18:00:58

本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-16 18:03 编辑

Lu老师和各位小伙伴们，
   你们好！
   我的Na+在水合时放了6个H2O在Na+周围，为什么Opt成功结束后用CYLview软件打开log文件看结构图时，只有4个H2O和Na+之间成键，剩下的2个H2O和Na+不连着？但是我的6水合Ca2+在Opt成功结束后用CYLview软件打开log文件看结构图时，6个H2O和Ca2+之间均成键的。
   问了带我的师妹后，她说Gauss里成不成键倒也无所谓，主要是我优化成功后的6水合Na+的结构看起来怪怪的，不太合理，优化成功后的6水合Na+的截图放在下边供大家查阅，谢谢啦！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-16 18:13:44

用什么理论级别优化的？加隐式溶剂模型了吗？

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-16 19:03:14

本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-16 19:08 编辑

wzkchem5 发表于 2022-6-16 18:13
用什么理论级别优化的？加隐式溶剂模型了吗？

我在Opt+Freq时用的关键词是："#p opt freq b3lyp/6-31g(d) em=GD3BJ"，没有加SMD=water，等得到优化好的结构后在接着做Energy时准备再加上SMD=water。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-16 19:24:54

ReviewReview 发表于 2022-6-16 12:03
我在Opt+Freq时用的关键词是："#p opt freq b3lyp/6-31g(d) em=GD3BJ"，没有加SMD=water，等得到优化好的 ...

可以试试先限制Na-O键长优化，等差不多收敛以后再放开限制。不排除是初始结构的时候水分子之间有一些位阻排斥作用，把两个水分子挤走了。

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-16 19:34:34

wzkchem5 发表于 2022-6-16 19:24
可以试试先限制Na-O键长优化，等差不多收敛以后再放开限制。不排除是初始结构的时候水分子之间有一些位阻 ...

嗯嗯记住啦老师，我试试看。

agent99 · 发表于 Post on 2022-6-17 02:39:01

可视化软件里“成不成键”确实无所谓，但你这个结构很明显是个四配位的四面体了。可以从你优化好的六配位Ca2+结构开始，把Ca2+直接替换成Na+然后优化。

P.S. 你这图片够搞笑的...

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-17 16:16:55

agent99 发表于 2022-6-17 02:39
可视化软件里“成不成键”确实无所谓，但你这个结构很明显是个四配位的四面体了。可以从你优化好的六配位Ca ...

嗯嗯记住啦，谢谢老师~

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