genmixmem产生膜结构，然后用gmx make_ndx创建索引组，但碳原子序列重复

free3hao · 发表于 Post on 2022-7-4 14:27:02

请教各位大佬，使用genmixmem程序构建出磷脂双分子层，然后进行分子动力学模拟，到分析结果的时候，用gmx make_ndx创建索引组，但是结构中有多种脂质分子，它们碳原子序号是重复的，例如DPPC的sn-1的碳原子是C34、C36-50，而POPC的sn-1的碳原子是C36、C38-52，请问写程序的时候，如何将DMPC的C36-50与POPC的C38-50区分开呢？

Jotaro · 发表于 Post on 2022-7-4 15:16:17

a & r，将指定残基名的某原子归为一组

free3hao · 发表于 Post on 2022-7-4 15:53:31

本帖最后由 free3hao 于 2022-7-4 15:54 编辑

Jotaro 发表于 2022-7-4 15:16
a & r，将指定残基名的某原子归为一组

谢谢，我已经知道该怎么做了。但是，真正执行的时候发现，有些碳原子找不到，POPC sn-1的C36-39都可以找到，40以后的就找不到，POPC sn-2更奇怪。只能找到C15, C17-C33找不到，明明C36都有的啊，不知道您遇到过这种问题没有。

Jotaro · 发表于 Post on 2022-7-4 16:10:05

free3hao 发表于 2022-7-4 15:53
谢谢，我已经知道该怎么做了。但是，真正执行的时候发现，有些碳原子找不到，POPC sn-1的C36-39都可以找 ...

发gro看看

free3hao · 发表于 Post on 2022-7-4 16:19:12

附件添加不上去，说太大了，才2M多一点啊。要不然加好友或者您留一个邮箱，我发给您。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-5 09:00:31

free3hao 发表于 2022-7-4 16:19
附件添加不上去，说太大了，才2M多一点啊。要不然加好友或者您留一个邮箱，我发给您。

仔细看置顶的新社员必读贴，明确说了大文本型文件要压缩

free3hao · 发表于 Post on 2022-7-5 10:51:19

sobereva 发表于 2022-7-5 09:00
仔细看置顶的新社员必读贴，明确说了大文本型文件要压缩

好的，谢谢老师提醒。

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[GROMACS] genmixmem产生膜结构，然后用gmx make_ndx创建索引组，但碳原子序列重复

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