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[GROMACS] genmixmem产生膜结构,然后用gmx make_ndx创建索引组,但碳原子序列重复

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发表于 Post on 2022-7-4 14:27:02 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
请教各位大佬,使用genmixmem程序构建出磷脂双分子层,然后进行分子动力学模拟,到分析结果的时候,用gmx make_ndx创建索引组,但是结构中有多种脂质分子,它们碳原子序号是重复的,例如DPPC的sn-1的碳原子是C34、C36-50,而POPC的sn-1的碳原子是C36、C38-52,请问写程序的时候,如何将DMPC的C36-50与POPC的C38-50区分开呢?


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发表于 Post on 2022-7-4 15:16:17 | 显示全部楼层 Show all
a & r,将指定残基名的某原子归为一组

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-4 15:53:31 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 free3hao 于 2022-7-4 15:54 编辑
Jotaro 发表于 2022-7-4 15:16
a & r,将指定残基名的某原子归为一组

谢谢,我已经知道该怎么做了。但是,真正执行的时候发现,有些碳原子找不到,POPC sn-1的C36-39都可以找到,40以后的就找不到,POPC sn-2更奇怪。只能找到C15, C17-C33找不到,明明C36都有的啊,不知道您遇到过这种问题没有。

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发表于 Post on 2022-7-4 16:10:05 | 显示全部楼层 Show all
free3hao 发表于 2022-7-4 15:53
谢谢,我已经知道该怎么做了。但是,真正执行的时候发现,有些碳原子找不到,POPC sn-1的C36-39都可以找 ...

发gro看看

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-4 16:19:12 | 显示全部楼层 Show all
附件添加不上去,说太大了,才2M多一点啊。要不然加好友或者您留一个邮箱,我发给您。

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发表于 Post on 2022-7-5 09:00:31 | 显示全部楼层 Show all
free3hao 发表于 2022-7-4 16:19
附件添加不上去,说太大了,才2M多一点啊。要不然加好友或者您留一个邮箱,我发给您。

仔细看置顶的新社员必读贴,明确说了大文本型文件要压缩
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-5 10:51:19 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-7-5 09:00
仔细看置顶的新社员必读贴,明确说了大文本型文件要压缩

好的,谢谢老师提醒。

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