求助关于小分子复合物模拟的一些问题

dzdhp

各位大佬好，现在的情况是这样的。有两个小分子a、b用multiwfn计算的电荷并载入sobtop产生itp、top、gro。然后我把两个小分子对接得到了复合物c，也同样用sobtop得到了gro、itp、top（复合物好像没办法计算出电荷）。我现在想得到c的模拟轨迹，问题就是。如何把单独计算出的电荷载入复合物的itp中（我想过把电荷一个个粘贴进去，但是对接之后原子顺序完全乱了，分不清c中的原子对应a，b中的哪一个）。另一个问题就是我是直接用c的top、itp文件，还是用a.b的itp、top创建一个复合物top。最后一个问题就是，创建引索，我想用gmx—MMPBSA计算结合自由能，因为复合物原子顺序对不上单独的小分子，我如何给复合物定义分组。一直都是看着论坛的帖子摸索，现在小分子和蛋白质已经弄成功了，但是两个小分子一直摸不清门路，恳请论坛各位大佬解惑。

sobereva

小分子之间不说对接。如果是得到二聚体最理想结构，那是构型搜索的事，看
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

用genmer产生二聚体初始结构并结合molclus做构型搜索，每个单体的原子顺序不会变

既然之后还要用GROMACS跑MD，在此之前做构型搜索本身没什么实际意义

用sobtop产生两个单体的itp，都include到主top里，并且恰当合并字段使得拓扑文件满足GROMACS的字段顺序的要求，就可以用GROMACS模拟二聚体

另外，“复合物好像没办法计算出电荷”明显不成立。对任何体系原理上都能计算原子电荷

dzdhp

sobereva 发表于 2022-7-7 06:38
小分子之间不说对接。如果是得到二聚体最理想结构，那是构型搜索的事，看
genmer：生成团簇初始构型结合mo ...

感谢社长解答，一开始就是按照您最后说的方法做，但是跑的结果重现性比较差，时而结合时而不接，就想到了用对接试试，没想到反而舍近求远了。
谢谢社长推荐的genmer，我导看了都叫好