求助Target MD强制转为另一个构象的问题

ZetaFunction

最近在尝试使用Amber做Target MD，使强制转为另一个构象，遇到了不少问题，希望有熟悉Amber Target MD的大佬能帮我解答。

首先是参考构象，根据手册上的说法，-ref指定用于叠合计算RMSD的结构文件，可是我指定了目标构象后运行，发现程序报错，说参考构象和拓扑文件坐标不一致。我在网上看到有人说-c和-ref提供的文件坐标需要匹配，但是我做Target MD的目的就是为了使蛋白转为另一个构象，提供的参考文件肯定和输入的拓扑文件不同。


其次是我在手册上没有看到pmemd不支持Target MD，但是好像Amber18里运行会提示pmemd不支持Target MD，请问Amber20支持吗？不能用GPU加速跑起来太慢了。

以下是我的输入配置文件target.in，各位可以帮我看看有没有什么问题。

1. 100ns_targetMD
   
2. &cntrl
   
3.   imin = 0, irest = 1, ntx = 5,
   
4.   ntb = 2, pres0 = 1, ntp = 1,
   
5.   taup = 2,
   
6.   cut = 10,
   
7.   ntc = 2, ntf = 2,
   
8.   tempi = 310, temp0 = 310,
   
9.   ntt = 3, gamma_ln = 2.0, IG= 250000,
   
10.   nstlim = 50000000, dt = 0.002,
    
11.   ntpr = 1000, ntwx = 1000, ntwr = 1000,
    
12.   ntr = 0,ioutfm=1,
    
13. 
    
14.   itgtmd = 1, tgtrmsd = 0, tgtmdfrc = 1,
    
15.   tgtfitmask = ':1-305@CA', tgtrmsmask = ':325-330',
    
16. /
    

复制代码

以下是运行脚本：

1. tleap -s -f ./IN/leap.in
   
2. sander -O -p solv.prmtop -c solv.inpcrd -i ./IN/min.in    -o min.out   -r min.rst   -ref solv.inpcrd #最小化
   
3. sander -O -p solv.prmtop -c min.rst     -i ./IN/heat.in   -o heat.out  -r heat.rst  -ref min.rst #加热
   
4. sander -O -p solv.prmtop -c heat.rst    -i ./IN/equil.in  -o equil.out -r equil.rst -ref heat.rst #预平衡
   
5. mpirun -np 30 sander -O -p solv.prmtop -c equil.rst   -i target.in      -o md.out    -r md.rst    -ref target.inpcrd -x md.nc #target.inpcrd即是目标结构

复制代码

fhh2626

Amber可以连接plumed做TMD

ZetaFunction

fhh2626 发表于 2021-6-28 18:41
Amber可以连接plumed做TMD

能具体介绍一下吗？手册上好像没有

ZetaFunction

如果-ref输入的文件与-c不匹配就会报错
FATAL: NATOM mismatch in constraint coord and topology files
但是我既然要做Target MD那肯定要指定不同的结构啊

xiaowangtongxue

您好，请问您成功使用target md 转为构象了吗