计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2191|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助,如何启用gmx-MMPBSA

[复制链接 Copy URL]

146

帖子

0

威望

1583

eV
积分
1729

Level 5 (御坂)

已按照官方流程安装好程序,过程也无任何报错,终端中输入gmx_MMPBSA -h也能看到官网所示信息
usage: gmx_MMPBSA [-h] [-v] [--input-file-help] [--create_input [{gb,pb,rism,ala,decomp,nmode,all}]
                  [-O] [-prefix <file prefix>] [-i FILE] [-xvvfile XVVFILE] [-o FILE] [-do FILE] [-eo FILE]
                  [-deo FILE] [-nogui] [-s] [-cs <Structure File>] [-ci <Index File>] [-cg index index]
                  [-ct [TRJ [TRJ ...]]] [-cp <Topology>] [-cr <PDB File>] [-rs <Structure File>] [-ri <Index File>]
                  [-rg index] [-rt [TRJ [TRJ ...]]] [-rp <Topology>] [-lm <Structure File>] [-ls <Structure File>]
                  [-li <Index File>] [-lg index] [-lt [TRJ [TRJ ...]]] [-lp <Topology>] [--rewrite-output] [--clean]

......
gmx_MMPBSA is an effort to implement the GB/PB and others calculations in GROMACS.
Based on MMPBSA.py (version 16.0) and AmberTools20
但是关闭终端后重新打开再输入指令就提示commend not found,不知道是因为什么原因无法启用gmx_MMPBSA,求各位大佬指教

由衷感谢每位帮助我的好心人

11

帖子

0

威望

118

eV
积分
129

Level 2 能力者

2#
发表于 Post on 2022-7-14 16:25:51 | 只看该作者 Only view this author
首先你得看看你是conda装的还是在Ambertools里装的,使用gmxMMPBSA前要激活环境和Ambertools

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 20:39 , Processed in 0.146424 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list