含有Pd金属催化的过渡态结构搜索求助

z1065480896 · 发表于 Post on 2022-7-21 09:52:42

本帖最后由 z1065480896 于 2022-7-21 09:55 编辑

目前计算Pd金属催化的过渡态，用到了赝势机组，具体可以看gjf文件。过渡态机构示意图如图所示。

02.rar (1.89 MB, 下载次数 Times of downloads: 33)

1.目前得到的过渡态没有虚频，希望大家看看哪里出了问题。
2.在计算过程中试过很多自由度，对于这种体系对于自由度的判断还是有些困难，看各位老师有没有相关的判断的依据分享或者相关资料学习。
3.对于此类含Pd的金属催化体系，如下所示的泛函和机组目前是否适用。（看到文献里用到）
#p opt freq b3lyp/genecp

...

H C O P 0
6-311++g(d,p)
****
Pd 0
SDD
****

Pd 0
SDD

Lucas_xin · 发表于 Post on 2022-7-21 13:51:49

过渡金属最好不用b3lyp，可以用PBE0-D3BJ或者MN15，详见社长的泛函选择帖子。另外你这个结构是过渡态还是中间体？如果是过渡态得用opt=TS关键词啊。在几何优化时候可以不用加溶剂，到算高精度单点能时候再加溶剂，加了溶剂也得用SMD溶剂模型。基组优化时候6-31g**+SDD可以，单点能用6-311++g**了把Pd换用def2TZVP吧。

z1065480896 · 发表于 Post on 2022-7-21 14:20:10

Lucas_xin 发表于 2022-7-21 13:51
过渡金属最好不用b3lyp，可以用PBE0-D3BJ或者MN15，详见社长的泛函选择帖子。另外你这个结构是过渡态还是中 ...

算的应该是过渡态，关键词搞忘加了，我再试试，谢谢哈

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-21 19:08:36

那叫“基组”
自旋多重度不叫自由度
毫无必要给氢加弥散，仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

chands · 发表于 Post on 2022-7-21 19:57:54

不是你这个方向的，插一句。我假定你的Pt是Pt(II)，有两个膦作为配体，膦本身净电荷为0，然后有一个烷基作为配体，烷基带-1，最外面有一个中性的苯酚，总电荷为+1（不是你写的+2）,我算对了吗？

sai77 · 发表于 Post on 2022-7-21 21:27:44

本帖最后由 sai77 于 2022-7-21 21:29 编辑

钯正二价，烯丙基负一，氧负一，整个体系是电中性，电荷为0。
输入文件找过渡态没写ts，做的是结构优化，怎么会有虚频？
高烯丙醇跟氧相连的碳少了一个氢，你图里底物是醇，输入文件里是醛

z1065480896 · 发表于 Post on 2022-7-22 08:25:28

chands 发表于 2022-7-21 19:57
不是你这个方向的，插一句。我假定你的Pt是Pt(II)，有两个膦作为配体，膦本身净电荷为0，然后有一个烷基作 ...

电荷为1，提交输入文件就报错了。

z1065480896 · 发表于 Post on 2022-7-22 08:27:13

sai77 发表于 2022-7-21 21:27
钯正二价，烯丙基负一，氧负一，整个体系是电中性，电荷为0。
输入文件找过渡态没写ts，做的是结构优化， ...

好的，谢谢，我再试一试

z1065480896 · 发表于 Post on 2022-7-22 08:36:36

z1065480896 发表于 2022-7-22 08:27
好的，谢谢，我再试一试

电荷设置0后，0,1、0,3、0,5 都报错只有0,2开始运行，不知道此体系下自旋多重度设置为2是否合理

z1065480896 · 发表于 Post on 2022-7-22 08:39:50

sobereva 发表于 2022-7-21 19:08
那叫“基组”
自旋多重度不叫自由度
毫无必要给氢加弥散，仔细看

谢谢社长。还想问一下，此结构下自旋多重度设置为2，电荷设置为0是否合理

sai77 · 发表于 Post on 2022-7-22 08:50:19

z1065480896 发表于 2022-7-22 08:36
电荷设置0后，0,1、0,3、0,5 都报错只有0,2开始运行，不知道此体系下自旋多重度设置为2是否合理

你的底物是醇还是醛？
如果是醇，那个氢补上了吗？补上氢，电荷0，自旋多重度1
如果是醛，电荷数就是+1，自旋多重度也是1

z1065480896 · 发表于 Post on 2022-7-22 09:10:08

sai77 发表于 2022-7-22 08:50
你的底物是醇还是醛？
如果是醇，那个氢补上了吗？补上氢，电荷0，自旋多重度1
如果是醛，电荷数就是+1 ...

以图为准，补上氢了，也跑起来了。谢啦

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