VMD模拟 writepdb命令无法生成并修改新的pdb文件

伶俜徒奈何

如题
VMD为32位x86的1.9.3版本，系统是WIN10 64位，安装目录为C:\md\VMD
运行文献提供的的tcl脚本，目的是将反应的单体分子随即分配到pbc盒中
在 $all writepdb pdb/${chain_name}_${id}_temp.pdb处报错为：Unable to open file pdb/A_489_temp.pdb for writing             ERROR) Unable to open file pdb/A_489_temp.pdb of type pdb for writing frames.
下为该tcl完整代码：（其中mol_name,xyzpbc,chain_list均在上一步tcl全局变量中定义并赋值）


proc rand_position {chain_name id} {

global mol_name
global xpbc
global ypbc
global zpbc

# load monomers for polymerization
mol load psf ${mol_name}.psf
mol addfile  ${mol_name}.pdb

# set segname and chain name
set all [atomselect top all]
$all set chain ${chain_name}
$all set segname ${chain_name}${id}

# rotate the added molecules in different direction
set rot_x [expr rand()*360]
set rot_y [expr rand()*360]
set rot_z [expr rand()*360]

# randomly rotate molecule in different direction
$all move [trans center {0 0 0} x $rot_x]
$all move [trans center {0 0 0} y $rot_y]
$all move [trans center {0 0 0} z $rot_z]

# randomly distribute monomer in the pbc box
set movex [expr rand()*($xpbc-10)]
set movey [expr rand()*($ypbc-10)]
set movez [expr rand()*($zpbc-10)]
$all moveby "$movex $movey $movez"

# creat pdb files for each monomer
$all writepdb pdb/${chain_name}_${id}_temp.pdb

$all delete
unset rot_x
unset rot_y
unset rot_z
unset movex
unset movey
unset movez
mol delete all
}

global total_num
global chain_list
global cycle


# do iteration for creating coordinates of monomers
for {set j 0} {$j < $cycle} {incr j} {

set chain_name [lindex $chain_list $j]

for {set i 1} {$i<=500} {incr i} {

if {$i<=[expr ${total_num}-$j*500]} {

rand_position $chain_name $i
}

}
unset i
unset chain_name
}
unset j


请教该如何解决？谢谢！

cinka

你当前执行脚本的路径，有名字为pdb的文件夹吗？

伶俜徒奈何

cinka 发表于 2024-3-29 16:24
你当前执行脚本的路径，有名字为pdb的文件夹吗？

明白了！感谢！

想科研的小C

你好 我遇到了同样的问题请问怎么解决

Uus/pMeC6H4-/キ

想科研的小C 发表于 2024-12-9 19:28
你好 我遇到了同样的问题请问怎么解决

“同样的问题”太模糊，应该说清楚是用什么脚本在执行什么操作遇到什么问题。参考下述社长博文。
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

顺便说一句，一楼“将反应的单体分子随机分配到pbc盒中”这个操作也可以用packmol实现。

想科研的小C

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-9 20:00
“同样的问题”太模糊，应该说清楚是用什么脚本在执行什么操作遇到什么问题。参考下述社长博文。
在网上 ...

好的谢谢提醒，以后发言时会注意。另外抱歉才看到回复。