[VMD] 统计聚合物间小于一定距离原子序号的脚本

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发表于 Post on 2024-7-6 20:25:37 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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用Gemini写的脚本，然后自己改了点（可能脚本里有多余的语句），用于统计不同链间聚合物哪些原子距离较近，方便进一步使用aNCI分析

number.tcl (1.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)
依次在VMD里输入
set select1 "index 0 to 16699"
set select2 "index 16700 to 17607"

source number.tcl
mindist_under_3nm $select1 $select2
便可以统计出原子序号和距离如下：

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