老师请问一下这样找溶剂中Ca2+相连的复合物方式是否合理？

Lym · 发表于 Post on 2022-8-18 07:01:06

本帖最后由 Lym 于 2022-8-18 10:58 编辑

老师，我主要目的想要找到与Ca2+相连的复合物需要加几个显性溶剂，本来是想跑1000帧，但是后面跑到六百多帧后就不小心关掉了，然后想继续使用Molclus调用xtb进行优化，但是都报错，提示可能scf不收敛，单个原子在一条线上。1.所以我可不可以后续通过得到配位数，然后将没有配位的溶剂删掉继续进行优化？
2.或者直接使用放相应溶剂的数目，然后调用Molclus调用xtb进行优化？
下面是我使用xtb 进行MD的结果：

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-18 10:18:10

不小心关掉之前都能正常运行？
如果是，把当前目录下之前xtb的临时文件清掉，然后settings.ini里通过ngeom指定这次计算考虑的traj.xyz里的帧号范围

Lym · 发表于 Post on 2022-8-18 10:25:23

本帖最后由 Lym 于 2022-8-18 10:59 编辑

sobereva 发表于 2022-8-18 10:18
不小心关掉之前都能正常运行？
如果是，把当前目录下之前xtb的临时文件清掉，然后settings.ini里通过ngeom ...

谢谢老师，我在setting里面设置错了，我重新进行计算一下

Lym · 发表于 Post on 2022-8-20 07:40:33

本帖最后由 Lym 于 2022-8-20 07:43 编辑

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Lym · 发表于 Post on 2022-8-20 17:21:24

sobereva 发表于 2022-8-18 10:18
不小心关掉之前都能正常运行？
如果是，把当前目录下之前xtb的临时文件清掉，然后settings.ini里通过ngeom ...

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