求助：跑完模拟之后分子内部形成了小三角形

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-11-6 04:37:56

各位老师好，我跑完模拟把平衡之后看pdb文件，结果发现无论是vmd还是ovito，分子都出现了本来没有的小三角形，就是三个碳原子本来是分开形成一条链的，结果黏到一起变成了一个碳三角形，想问下各位老师这是什么原因造成的，怎样避免呀，感谢老师！

牧生 · 发表于 Post on 2022-11-6 07:50:00

极大概率是top不对。我以前也有类似的错误
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=28435

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-11-8 02:03:51

牧生发表于 2022-11-6 07:50
极大概率是top不对。我以前也有类似的错误
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=28435
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哦哦感谢，但是我是用正确的单个分子pdb然后packmol生成的，上面两个图都是跑完之后同一个pdb文件里的，有的是正确的，有的就成三角形了，请问您的意思是itp文件里分子键的信息有问题吗

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[GROMACS] 求助：跑完模拟之后分子内部形成了小三角形