计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5556|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] Amber格式力场转换成Gromacs格式的方法请教

[复制链接 Copy URL]

188

帖子

0

威望

1498

eV
积分
1686

Level 5 (御坂)

     各位老师好,最近在利用Gromacs做RNA相关的模拟,选择的是AMBER99以及针对考虑到非规范碱基配对情况的补丁(圈起来的那篇文章)。参数已下载,但是是AMBER格式的,想转化成Gromacs格式的从而用在MD模拟中。但是一直没有好的方法转换成gmx格式的力场文件,或者根据该AMBER格式力场补丁修改gmx力场包下的文件,使得用上这个补丁。
    请各位老师指教一下,文献下载的力场补丁已经上传。

微信图片_20220111202452.png (384.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

力场及补丁选择

力场及补丁选择

ct6b00870_si_002.zip

31.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

文献附件的力场补丁包

顶天立地,树德明智,奋斗创新

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-1-12 03:17:57 | 只看该作者 Only view this author
你可以先用amber的leap产生RNA的拓扑文件,再用parmED或acpype转成GROMACS的拓扑文件格式
要么你就自己编辑GROMACS力场目录下的ffbonded.itp,在理解GROMACS和AMBER文件格式的前提下添加进去,注意函数形式、单位转换这些问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

188

帖子

0

威望

1498

eV
积分
1686

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-12 09:47:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-12 03:17
你可以先用amber的leap产生RNA的拓扑文件,再用parmED或acpype转成GROMACS的拓扑文件格式
要么你就自己编 ...

谢谢老师,我试下
顶天立地,树德明智,奋斗创新

195

帖子

0

威望

1461

eV
积分
1656

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2022-8-26 11:26:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-12 03:17
你可以先用amber的leap产生RNA的拓扑文件,再用parmED或acpype转成GROMACS的拓扑文件格式
要么你就自己编 ...

sober老师,要生成amber的拓扑文件,ambertools能实现吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2022-8-26 13:44:55 | 只看该作者 Only view this author
大头攒毛 发表于 2022-8-26 11:26
sober老师,要生成amber的拓扑文件,ambertools能实现吗?

ambertools里的leap实现
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

195

帖子

0

威望

1461

eV
积分
1656

Level 5 (御坂)

6#
发表于 Post on 2022-8-26 14:43:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-26 13:44
ambertools里的leap实现

老师,我按照您教的方法安装了ambertools18,为什么pdb4amber命令不起作用?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 11:58 , Processed in 0.182968 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list