求助多肽体系Twist angle的计算

CMMCMM · 发表于 Post on 2022-8-29 16:38:37

请问有研究过组装体结构的老师吗？我想要计算反平行排列的一层β-片的扭转角，没有很好的计算思路。在gromacs手册中没有找到相应的命令，自己不太会写脚本，还请老师们多多指教。这是一篇文献中提到的计算（我的体系和文献中的形态是相同的）：

lyj714 · 发表于 Post on 2022-8-29 20:00:57

本帖最后由 lyj714 于 2022-8-29 20:02 编辑

这很容易计算，都说了用的这两个残基的α-C原子（也就是CA原子）。vmd直接定义这两个碳原子连接矢量，然后直接求点乘，再acos不就行了

CMMCMM · 发表于 Post on 2022-8-30 14:55:21

lyj714 发表于 2022-8-29 20:00
这很容易计算，都说了用的这两个残基的α-C原子（也就是CA原子）。vmd直接定义这两个碳原子连接矢量，然后 ...

老师，我直接提取原子坐标，然后cos，求出来的是向量的夹角，不是两条β片的扭转角啊。不应该是先给体系定义一个投影面，算出来的平面角才是β片上下扭转的角度吗？因为我要把一层中，层间的所有扭转角都求一下，然后计算这些扭转角的平均值--我的想法是这样的，不知道是否正确。

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2022-8-30 16:54:30

不会写脚本做不了MD的自己学着写吧我觉得Python结合MDAnalysis是比较容易学习上手的你可以先选定贝塔片的若干原子然后将投影面通过特定的算法算出来再求法向量

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2022-8-30 16:56:31

CMMCMM 发表于 2022-8-30 14:55
老师，我直接提取原子坐标，然后cos，求出来的是向量的夹角，不是两条β片的扭转角啊。不应该是先给体系 ...

你想的想法是更合理的，显然不应该用两个点之间的向量定义一个平面。但同时前面那个人说的也是对的，因为这篇文献就是用这么不合理的方法做的。

lyj714 · 发表于 Post on 2022-8-30 17:00:50

本帖最后由 lyj714 于 2022-8-30 17:01 编辑

CMMCMM 发表于 2022-8-30 14:55
老师，我直接提取原子坐标，然后cos，求出来的是向量的夹角，不是两条β片的扭转角啊。不应该是先给体系 ...

那就是这文献没写清楚，我只看图表示的就是这个普通夹脚

CMMCMM · 发表于 Post on 2022-8-31 09:32:16

对抗路达摩发表于 2022-8-30 16:54
不会写脚本做不了MD的自己学着写吧我觉得Python结合MDAnalysis是比较容易学习上手的你可以先选定贝塔片 ...

好的老师，非常感谢您。

CMMCMM · 发表于 Post on 2022-8-31 09:32:41

lyj714 发表于 2022-8-30 17:00
那就是这文献没写清楚，我只看图表示的就是这个普通夹脚

好的，谢谢老师。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助多肽体系Twist angle的计算