CP2K进行GEO_OPT任务无输出

王一伊

各位老师好，最近刚上手CP2K很多问题不太懂，想向老师们请教~
我的输入文件如下，任务为GEO_OPT，只有13个Al原子，另加了一个电子，盒子abc均为10.521A。计算任务提交之后，计算了一天之后out文件还是保持在交上作业后几分钟的大小且无报错信息，也无输出轨迹文件及restart文件等。top进程查看确实正在计算，感觉理应很快就会输出相关信息，但是不知道自己错在哪里，抑或是这个结构计算太慢？
小白一枚，若存在问题过于浅显请老师们见谅~
al13.inp (2.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

2021-6-30 22:01 上传 Uploaded

点击下载
Click to download

sobereva

我不知道你想研究这个体系的什么问题，一般来说，单纯算这个体系本身用量化程序远比CP2K适合

没输出文件，也没CPU的相关信息，别人难以判断

王一伊

sobereva 发表于 2021-7-1 04:55
我不知道你想研究这个体系的什么问题，一般来说，单纯算这个体系本身用量化程序远比CP2K适合

没输出文件 ...

谢谢老师回复~我想利用CP2K研究一下体系的稳定性，所以想在跑动力学之前先做一下优化，因为看到有老师提到“动力学前先优化”，此处为优化过程。
输出文件如下，今天看仍然是没有任何变化，top查看进程在进行，任务共有12个CPU进程。查看CPU型号是 Intel(R) Xeon(R) Gold 6139 CPU @ 2.30GHz，总核数为36，查看内存足够。

DBCSR| CPU Multiplication driver                                           XSMM
DBCSR| Multrec recursion limit                                              512
DBCSR| Multiplication stack size                                          30000
DBCSR| Maximum elements for images                                    UNLIMITED
DBCSR| Multiplicative factor virtual images                                   1
DBCSR| Use multiplication densification                                       T
DBCSR| Multiplication size stacks                                             3
DBCSR| Number of 3D layers                                               SINGLE
DBCSR| Use MPI memory allocation                                              T
DBCSR| Use RMA algorithm                                                      F
DBCSR| Use Communication thread                                               T
DBCSR| Communication thread load                                             87


  **** **** ******  **  PROGRAM STARTED AT               2021-06-29 21:55:58.813
***** ** ***  *** **   PROGRAM STARTED ON                 localhost.localdomain
**    ****   ******    PROGRAM STARTED BY                               wanghao
***** **    ** ** **   PROGRAM PROCESS ID                                147136
  **** **  *******  **  PROGRAM STARTED IN            /home/wanghao/au/cp2k/al13

CP2K| version string:                    CP2K version 7.0 (Development Version)
CP2K| source code revision number:                                  git:89b110c
CP2K| cp2kflags: libint fftw3 libxc elpa=201705 elpa_qr parallel mpi3 scalapack
CP2K|             smm_vec smm xsmm libderiv_max_am1=6 libint_max_am=7 max_contr=4 plumed2 mkl
CP2K| is freely available from                            https://www.cp2k.org/
CP2K| Program compiled at            2018年 12月 27日 星期四 15:52:41 CST
CP2K| Program compiled on                                 localhost.localdomain
CP2K| Program compiled for                                  Linux-x86-64-intelx
CP2K| Data directory path                                        /srv/cp2k/data
CP2K| Input file name                                                  al13.inp

GLOBAL| Force Environment number                                              1
GLOBAL| Basis set file name                                         ./BASIS_SET
GLOBAL| Potential file name                                         ./POTENTIAL
GLOBAL| MM Potential file name                                     MM_POTENTIAL
GLOBAL| Coordinate file name                                      __STD_INPUT__
GLOBAL| Method name                                                        CP2K
GLOBAL| Project name                                                       al13
GLOBAL| Preferred FFT library                                             FFTW3
GLOBAL| Preferred diagonalization lib.                                       SL
GLOBAL| Run type                                                        GEO_OPT
GLOBAL| All-to-all communication in single precision                          F
GLOBAL| FFTs using library dependent lengths                                  F
GLOBAL| Global print level                                                  LOW
GLOBAL| MPI I/O enabled                                                       T
GLOBAL| Total number of message passing processes                            12
GLOBAL| Number of threads for this process                                    1
GLOBAL| This output is from process                                           0
GLOBAL| CPU model name :  Intel(R) Xeon(R) Gold 6139 CPU @ 2.30GHz

MEMORY| system memory details [Kb]
MEMORY|                        rank 0           min           max       average
MEMORY| MemTotal            196517892     196517892     196517892     196517892
MEMORY| MemFree             123123596     123123596     123123596     123123596
MEMORY| Buffers                291212        291212        291212        291212
MEMORY| Cached               67118352      67118352      67118352      67118352
MEMORY| Slab                  1595536       1595536       1595536       1595536
MEMORY| SReclaimable          1350400       1350400       1350400       1350400
MEMORY| MemLikelyFree       191883560     191883560     191883560     191883560


GENERATE|  Preliminary Number of Bonds generated:                             0
GENERATE|  Achieved consistency in connectivity generation.

*******************************************************************************
*******************************************************************************
**                                                                           **
**     #####                         ##              ##                      **
**    ##   ##            ##          ##              ##                      **
**   ##     ##                       ##            ######                    **
**   ##     ##  ##   ##  ##   #####  ##  ##   ####   ##    #####    #####    **
**   ##     ##  ##   ##  ##  ##      ## ##   ##      ##   ##   ##  ##   ##   **
**   ##  ## ##  ##   ##  ##  ##      ####     ###    ##   ######   ######    **
**    ##  ###   ##   ##  ##  ##      ## ##      ##   ##   ##       ##        **
**     #######   #####   ##   #####  ##  ##  ####    ##    #####   ##        **
**           ##                                                    ##        **
**                                                                           **
**                                                ... make the atoms dance   **
**                                                                           **
**            Copyright (C) by CP2K developers group (2000 - 2018)           **
**                                                                           **
*******************************************************************************


TOTAL NUMBERS AND MAXIMUM NUMBERS

  Total number of            - Atomic kinds:                                   1
                             - Atoms:                                         13
                             - Shell sets:                                    26
                             - Shells:                                       117
                             - Primitive Cartesian functions:                169
                             - Cartesian basis functions:                    286
                             - Spherical basis functions:                    273

  Maximum angular momentum of- Orbital basis functions:                        2
                             - Local part of the GTH pseudopotential:          0
                             - Non-local part of the GTH pseudopotential:      2


SCF PARAMETERS         Density guess:                                    ATOMIC
                        --------------------------------------------------------
                        max_scf:                                             200
                        max_scf_history:                                       0
                        max_diis:                                              4
                        --------------------------------------------------------
                        eps_scf:                                        1.00E-05
                        eps_scf_history:                                0.00E+00
                        eps_diis:                                       1.00E-01
                        eps_eigval:                                     1.00E-05
                        --------------------------------------------------------
                        level_shift [a.u.]:                                 0.00
                        --------------------------------------------------------
                        Mixing method:                              PULAY_MIXING
                                                charge density mixing in g-space
                        --------------------------------------------------------
                        No outer SCF

*******************************************************************************
***                     STARTING GEOMETRY OPTIMIZATION                      ***
***                           CONJUGATE GRADIENTS                           ***
*******************************************************************************

Number of electrons:                                                         40
Number of occupied orbitals:                                                 20
Number of molecular orbitals:                                                20

Number of orbital functions:                                                273
Number of independent orbital functions:                                    273

Extrapolation method: initial_guess


SCF WAVEFUNCTION OPTIMIZATION

  Step     Update method      Time    Convergence         Total energy    Change
  ------------------------------------------------------------------------------

乐平

看了看你的输入文件，首先从模型上来说，你做的是 Al 13 cluster，不是周期性的块体，盒子可能偏小了。
团簇的镜像之间建议相距超过 10 angstrom.

另外，输入文件中，电荷和自旋多重度的设置也有问题，
    CHARGE    -1
    MULTIPLICITY  1

确定是带一个负电荷？自旋多重度确定是 1 ？

还有，你为什么要固定一个原子？

  &CONSTRAINT
    &FIXED_ATOMS
      COMPONENTS_TO_FIX XYZ
      LIST 1
    &END FIXED_ATOMS
  &END CONSTRAINT

王一伊

乐平 发表于 2021-7-1 17:02
看了看你的输入文件，首先从模型上来说，你做的是 Al 13 cluster，不是周期性的块体，盒子可能偏小了。
团 ...

谢谢老师回复~
我尝试下将盒子建大一些
电荷为-1是想让团簇带有一个负电荷，Al13团簇带电荷后查看文献 10.1021/ar5001583 发现是闭壳层因此设置成了1
第一次尝试可能设置会有些不妥的地方，再次感谢您的回复！

王一伊

乐平 发表于 2021-7-1 17:02
看了看你的输入文件，首先从模型上来说，你做的是 Al 13 cluster，不是周期性的块体，盒子可能偏小了。
团 ...

老师您好~按照您的建议，我改了盒子大小使得团簇镜像之间距离达到 12.67 angstrom，同时改变了固定的原子个数，设定所有原子固定。尝试了中性的开壳层团簇及带电荷的闭壳层团簇，二者提交后均报错如下

Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.

Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.


Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.

Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.

Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.
Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.
Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.

Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.
{    0,    0}:  On entry to
DSTEQR parameter number  -63 had an illegal value
{    1,    1}:  On entry to
DSTEQR parameter number  -63 had an illegal value

网上有解答说是MKL版本冲突，但是其他的CP2K作业是能够正常进行的，这是什么原因呀 求解答

sobereva

王一伊 发表于 2021-7-1 09:13
谢谢老师回复~我想利用CP2K研究一下体系的稳定性，所以想在跑动力学之前先做一下优化，因为看到有老师提 ...

拿依靠平面波的第一性原理程序算这么小的团簇，完全是自找罪受，殊不知大量计算耗时都白白浪费在真空区了，而且还没利用点群对称性，之后能结合Multiwfn做的分析还少。

几何优化用Gaussian（最佳，能利用对称性）或ORCA，动力学建议用ORCA
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

王一伊

sobereva 发表于 2021-7-2 02:29
拿依靠平面波的第一性原理程序算这么小的团簇，完全是自找罪受，殊不知大量计算耗时都白白浪费在真空区了 ...

好的 谢谢老师~

洁然不同

王一伊 发表于 2021-7-1 21:47
老师您好~按照您的建议，我改了盒子大小使得团簇镜像之间距离达到 12.67 angstrom，同时改变了固定的原子 ...

几何优化你把所有原子固定这是为什么？

Yaochen

我也遇到了和你相似的问题，输出文件不再更新了。现在还有相同的情况出现吗，有没有解决啊？