如何计算随浓度变化的光谱？

wsmajun0601 · 发表于 Post on 2022-9-11 20:51:00

求助贴，想用gaussian模拟溶液中SO4阴离子逐渐增大时，紫外光谱图逐渐红移的光谱图？并从轨道方面分析，为什么会发生红移？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-11 21:08:51

光谱随浓度变化的原因，一般是因为高浓度下会生成聚集体，或者即便不是稳定的聚集体但是离子之间的距离比较近，导致离子的电子结构受到周边其他离子的影响。
所以你要做的是：在不同浓度下做动力学模拟，各取若干有代表性的帧做TDDFT计算，然后做统计平均，这样就得到了不同浓度下的紫外光谱。
至于解释红移发生的原因，需要作前线轨道图，由轨道形状来判断，看看比如说周边离子是不是降低了这个离子的LUMO或者提升了这个轨道的HOMO

wsmajun0601 · 发表于 Post on 2022-9-11 21:55:15

本帖最后由 wsmajun0601 于 2022-9-11 21:57 编辑

wzkchem5 发表于 2022-9-11 21:08
光谱随浓度变化的原因，一般是因为高浓度下会生成聚集体，或者即便不是稳定的聚集体但是离子之间的距离比较 ...

好的，感谢！原来是靠动力学模拟实现浓度变化啊！
顺便问一下，动力学模拟的软件用什么好？谢谢

牧生 · 发表于 Post on 2022-9-11 22:05:24

wsmajun0601 发表于 2022-9-11 21:55
好的，感谢！原来是靠动力学模拟实现浓度变化啊！
顺便问一下，动力学模拟的软件用什么好？谢谢

gromacs，不二选择
喂饭式的学习资料在这里 http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-11 23:06:42

wsmajun0601 发表于 2022-9-11 14:55
好的，感谢！原来是靠动力学模拟实现浓度变化啊！
顺便问一下，动力学模拟的软件用什么好？谢谢

另外还有一种做法是，计算单体、二聚体（乃至三聚体等等）的光谱，再计算单体、二聚体等的自由能，换算成平衡常数，得到不同总离子浓度下各种聚集体的浓度，然后把各个聚集体的光谱做加权平均。但是这个做法只适用于聚集体稳定、结构明确的情况，像硫酸根的情形，因为静电排斥的原因，即使高浓度下也不太可能主动聚集（除非有阳离子辅助），而只是因为浓度过大而被动地靠得比较近，此时估计优化不出聚集体的结构，所以必须用动力学的方法

wsmajun0601 · 发表于 Post on 2022-9-12 10:58:51

牧生发表于 2022-9-11 22:05
gromacs，不二选择
喂饭式的学习资料在这里 http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html

感谢！

wsmajun0601 · 发表于 Post on 2022-9-12 10:59:15

wzkchem5 发表于 2022-9-11 23:06
另外还有一种做法是，计算单体、二聚体（乃至三聚体等等）的光谱，再计算单体、二聚体等的自由能，换算成 ...

感谢

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