求助审稿意见中数据重现性的问题

wbqdssl

我做的是两个高度相似的小分子配体与一对同源蛋白的动力学模拟。两个配体对接两个同源蛋白，一共产生4组蛋白配体，记为LigandA/ProteinA;LigandA/ProteinB;LigandB/ProteinA;LigandB/ProteinB 。每组复合物重复对接了3次，取这三次对接中最好的构象作为起始结构，进行了三次200ns动力学模拟。所有模拟在120ns时RMSD都差不多稳定，于是取120ns~200ns这段时间的结构进行分析。
审稿人觉得RMSD还不够稳定(其中一组的蛋白骨架RMSD在120ns后还有比较小幅的上升，大概从2.7Å上升到了3.2Å)，认为200ns时长不够，让加到300ns. 加到300ns之后，我取150ns到300ns分析蛋白配体相互作用。我没有在原来的结构上续跑，而是重新建的体系从0ns跑到300ns（随机速度种子也不一样）. 新的300ns的RMSD比原来平稳多了。
稿子返回去，审稿人先是说First, discrepancies between the RMSD time series in the current and previous versions of the manuscript suggest potential inconsistencies in the simulation methodology or in data reporting. In particular, the reviewer questions why previously observed fluctuations disappeared in the updated analysis, undermining confidence in the presented data.
后来又说the results lack reproducibility, as repeating simulations with different initial configurations yielded varying interaction types. 于是认为我数据有问题，给了拒稿。
首先我想问，分子动力学本身就有随机性，即使使用完全相同的初始结构和参数，只要用不同的随机速度种子，那RMSD曲线也完全可能不同吧。可能原来那组有波动，新跑的这组没有波动或波动较小，这不是正常现象吗？我又不是用原来200ns的结构续跑的，新跑出来的组的RMSD曲线和原来不一样完全正常吧？
其次关于审稿人说的出现了varying interaction types我有点迷惑。我的体系中只出现了氢键和派派堆叠。没有其他类型的作用。所以我考虑审稿人说的是出现了新的氨基酸残基和配体作用。但我原来分析的是120ns~200ns这段时间的蛋白配体相互作用，延长模拟时间之后分析的是150ns到300ns的时间段。这俩重合的部分只有50ns，在200ns到300ns中出现新的作用不正常吗？虽然这么说，我的蛋白配体作用也没有显著的差异。不存在原来200ns中压根没有的作用出现在了300ns中的情况。蛋白配体图在下面压缩包里，诸位可以对比差异（至少在我的角度，我不认为差异很大）。图中紫色线代表氢键作用，绿色线代表派派作用。所以我反倒不知道该怎么去回复这个意见。
最后，虽然审稿人给了拒稿，但编辑还是给了大修。在修改方面，我有下面两个思路：
1. 不改动原来的数据。考虑取每组轨迹的最后一帧的构象或cluster出的代表构象对比蛋白配体2D作用图，并且3D叠合3组平行模拟的代表构象。如果2D作用图都一样且3D叠合后的结构也高度重合，那就说明参与作用的关键氨基酸位置比较固定，以及作用方式比较稳定。以此来说明数据有重现性。同时再解释一下为什么RMSD波动消失了的问题。
2. 对于每组复合物，我跑10组300ns平行模拟。然后把这10组中的每个单独的残基-配体相互作用的距离和寿命取平均，最后汇成一个总的。在正文中拿这总的（10组取平均后的）去讨论蛋白配体作用。这样就不存在所谓的重现性的问题了。但这样工作量和耗时都将显著增加。
各位老师觉得应该怎么去处理这个审稿意见，有什么其他的比较好的思路吗？
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2024-12-12 23:30 上传 Uploaded

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SiqiLee

1.审稿人认为你RMSD变化比较大没收敛的时候你应该续跑去让它收敛，而不是重做一条更长的，你重做了后给了他方法重复性不好的错觉；
2.你放的2D图看不出个所以然来，光看作用没有意义；
3.你提到的，不同时间段内相互作用不同，这说明你的配体分子还没有与结合口袋稳定结合，如果你要强调不同时间段的作用类型不同你得给出合理的解释，比如说哪一部分构象发生变化，以及为什么发生这种变化，例如：苯环上间位有个取代基团，它所处的空腔是较为开阔的，允许这个苯环与骨架连接的单键在进行旋转，因此那个取代基的作用会发生周期的变化等。

建议你不要跑10组300ns的模拟，而是要加长单条的总时长看看RMSD的变化，如果情况仍然不好那就要考虑你体系搭建的问题了，对接做的是不是合理了。

wbqdssl

SiqiLee 发表于 2024-12-13 10:44
1.审稿人认为你RMSD变化比较大没收敛的时候你应该续跑去让它收敛，而不是重做一条更长的，你重做了后给了他 ...

老师，是这样的。
1. 一方面是200ns的三次平行模拟是使用相同的初始构象(Structure_1)。然后审稿人让用不同的初始构象(Structure_1、Structure_2、Structure_3)作为初始结构再跑。所以实际上只有1能续跑，而2，3都要重新建体系，所以干脆我就所有都重新建了从0开始跑。另一方面是，用 Structure_1跑的3组200ns里只有一组有波动，其他两组都是比较稳的。所以我觉得这样给审稿人解释我没有续跑还是重新跑的是不是也合理呢？
2. 您提到的“不同时间段内相互作用不同，这说明你的配体分子还没有与结合口袋稳定结合”，确实是这样的。我自己本身也认为200ns不够，所以实际上原来200ns的作用方式不合理。现在分析150~300如果是比较合理的且结合稳定了，那作用方式应当和原来200ns不同。我是这么想的

SiqiLee

wbqdssl 发表于 2024-12-13 11:32
老师，是这样的。
1. 一方面是200ns的三次平行模拟是使用相同的初始构象(Structure_1)。然后审稿人让用 ...

感觉得看审稿人了