关于CP2K提交任务时的并行核数指定问题

社会主义小战士

各位前辈好，我在编译完成CP2K（2023版本）之后，提交任务使用如下命令：
$./cp2k-2023.1/exe/local/cp2k.popt test.inp |tee test.out
然后是可以在算了，但是查看后台进程发现：

这个CPU只有100%。
机器是36物理核，72线程的，ubuntu系统。
是不是需要输入并行的命令？或者在～/.bashrc里提前定义什么？

社会主义小战士

OK，已经可以并行跑了。
原来需要使用如下命令：
$mpirun /path/to/cp2k.popt test.in

乐平

社会主义小战士 发表于 2023-2-26 12:50
OK，已经可以并行跑了。
原来需要使用如下命令：
$mpirun /path/to/cp2k.popt test.in

你只用了 mpirun 但是没有指定用多少核并行啊

1. mpirun -np 36 /path/to/cp2k.popt -i test.in -o test.out

复制代码

sobereva

CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法
http://sobereva.com/586（http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html）

再测试popt版。假设用4核通过MPI方式并行，就执行：mpirun -np 4 cp2k.popt test.inp |tee test.out。在top中看到会有4个cp2k.popt在运行，占用率皆接近100%。

943436427

乐平 发表于 2023-2-26 20:24
你只用了 mpirun 但是没有指定用多少核并行啊

老师您好我想请问一下就是我不管用的是mpirun -np 36 /home/room/software/cp2k-2023.2/exe/local/cp2k.psmp -o al2cu.out -i al2cu.inp
还是mpirun -np 72 /home/room/software/cp2k-2023.2/exe/local/cp2k.psmp -o al2cu.out -i al2cu.inp
我的cpu占用都是百分之百，服务器配置是72个物理核心双线程。

啊不错的飞过海

943436427 发表于 2023-11-16 16:32
老师您好我想请问一下就是我不管用的是mpirun -np 36 /home/room/software/cp2k-2023.2/exe/local/cp2k.p ...

有的版本的mpi会在不显式定义OMP_NUM_THREADS时画蛇添足地把OMP并行核数设为物理核心数，可能是这个导致的。
指定OMP_NUM_THREADS或给mpi加--map-by关键字可以凑合解决这一问题。

943436427

啊不错的飞过海 发表于 2023-11-16 16:57
有的版本的mpi会在不显式定义OMP_NUM_THREADS时画蛇添足地把OMP并行核数设为物理核心数，可能是这个导致 ...

OMP_NUM_THREADS这个是放在inp文件中吗？我加了这个之后反而无法运行了。
使用mpirun --map -by -np 71 /home/room/software/cp2k-2023.2/exe/local/cp2k.psmp -o al2cu.out -i al2cu.inp &
mpirun -np 72 --map -by /home/room/software/cp2k-2023.2/exe/local/cp2k.psmp -o al2cu.out -i al2cu.inp

mpirun -np 72 --hostfile nodes --map-by node /home/room/software/cp2k-2023.2/exe/local/cp2k.psmp -o al2cu.out -i al2cu.inp也不行

啊不错的飞过海

943436427 发表于 2023-11-16 17:04
OMP_NUM_THREADS这个是放在inp文件中吗？我加了这个之后反而无法运行了。
使用mpirun --map -by -np 71 ...

不是，是作为环境变量定义。删去输入文件里的OMP_NUM_THREADS，执行export OMP_NUM_THREADS=1，然后执行你的mpirun。

943436427

啊不错的飞过海 发表于 2023-11-16 17:21
不是，是作为环境变量定义。删去输入文件里的OMP_NUM_THREADS，执行export OMP_NUM_THREADS=1，然后执行 ...

我的输入文件里没有OMP_NUM_THREADS
不过我将输入改为mpirun -np 3  /home/room/software/cp2k-2023.2/exe/local/cp2k.psmp -o al2cu.out -i al2cu.inp &
占用就变成百分之五十了
我查看了使用情况两个pmsp分别占用35个核多一点剩下一个pmsp占用1个核

啊不错的飞过海

943436427 发表于 2023-11-16 17:29
我的输入文件里没有OMP_NUM_THREADS

那直接export OMP_NUM_THREADS=1之后 mpirun -n 36 /home/room/software/cp2k-2023.2/exe/local/cp2k.psmp -o al2cu.out -i al2cu.inp&应该就能获得一个正常的占用。你用的mpi和编译cp2k时候的是一个吧？

943436427

啊不错的飞过海 发表于 2023-11-16 17:32
那直接export OMP_NUM_THREADS=1之后 mpirun -n 36 /home/room/software/cp2k-2023.2/exe/local/cp2k.psm ...

是同一个我是用他脚本安装的
如果我用mpirun -np 4 占用就成这样了

943436427

啊不错的飞过海 发表于 2023-11-16 17:32
那直接export OMP_NUM_THREADS=1之后 mpirun -n 36 /home/room/software/cp2k-2023.2/exe/local/cp2k.psm ...

这个方法也可以非常感谢！
用这个方法之后我的运存占用低了很多从原本接近200GB的使用变成30GB上下的占用，运算速度看起来快了非常多。
这个方法是更好的方法。