GAMESS输出文件为空白该如何解决？

Strange · 发表于 Post on 2022-10-2 13:57:29

本帖最后由 Strange 于 2022-10-3 18:03 编辑

最近想尝试GKS-EDA，按https://mp.weixin.qq.com/s/6nuJpYJdNbUJndrYM13Fog教程装好了打了xeda补丁的GAMESS，之后自带的测试案例也全都通过了。但当运行时，任务秒跪，.gms输出文件为0kb，屏幕上的报错信息也是0kb（因为是在超算上运行，把屏幕上的报错信息输出到一个.out文件里了）。想问一下这种现象可能是什么原因呢？

zhangshu · 发表于 Post on 2022-10-3 14:38:36

请问可以把输入输出文件以及脚本提供一下吗？

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2022-10-3 14:46:34

本帖最后由 hebrewsnabla 于 2022-10-3 14:48 编辑

屏幕上的报错信息输出到一个.out文件里了

具体怎么重定向的？

看看作业提交系统的输出里面有没有报错。

Strange · 发表于 Post on 2022-10-3 18:05:43

hebrewsnabla 发表于 2022-10-3 14:46
具体怎么重定向的？

看看作业提交系统的输出里面有没有报错。

作业提交系统的输出和.gms都是0kb，空白的，重定向是在提交任务的脚本里

Strange · 发表于 Post on 2022-10-3 18:06:23

zhangshu 发表于 2022-10-3 14:38
请问可以把输入输出文件以及脚本提供一下吗？

输入文件用的是教程里的第一个，输出文件为空白，脚本已上传至附件

zhangshu · 发表于 Post on 2022-10-4 12:38:31

Strange 发表于 2022-10-3 18:06
输入文件用的是教程里的第一个，输出文件为空白，脚本已上传至附件

你有定义环境变量吗，可以试着在超算上不用他的脚本直接跑一下，就是直接输入这行命令“/nfs-share/home/studentID/gamess/rungms 1.inp”,看看具体是什么报错，还是脚本有问题，我用自己安装的Gamess是可以正常结束的。

Strange · 发表于 Post on 2022-10-4 15:53:36

zhangshu 发表于 2022-10-4 12:38
你有定义环境变量吗，可以试着在超算上不用他的脚本直接跑一下，就是直接输入这行命令“/nfs-share/home/ ...

我的脚本里就是直接执行的rungms，我通过尝试发现，当直接运行“/nfs-share/home/studentID/gamess/rungms 1.inp 00 32”时可以正常运行。但按教程里把输出文件定向到1.gms时，“/nfs-share/home/studentID/gamess/rungms 1.inp 00 32 >& 1.gms &”（也尝试了“/nfs-share/home/studentID/gamess/rungms 1.inp 00 32 >1.gms 2>&1 &”），就会输出0kb的.gms文件

zhangshu · 发表于 Post on 2022-10-4 19:31:52

直接运行“/nfs-share/home/studentID/gamess/rungms 1.inp 00 32”时，可以得到正常的EDA结果吗？

ene · 发表于 Post on 2022-10-4 21:40:41

试试这样写job.sh

#!/bin/bash
#SBATCH -J JOB
#SBATCH -o %j.%N.out
#SBATCH --partition=compute
#SBATCH --qos=normal
#SBATCH --get-user-env
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --time=48:00:00
/nfs-share/home/studentID/gamess/rungms 1.inp 00 1 > 1.gms 2> 1.gms.err

复制代码

Strange · 发表于 Post on 2022-10-5 09:52:43

解决了，发现直接写成 /nfs-share/home/studentID/gamess/rungms 1.inp 00 1 > 1.gms就行，不是很懂为什么教程上的那种写法不行

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-10-8 10:46:31

Strange 发表于 2022-10-5 09:52
解决了，发现直接写成 /nfs-share/home/studentID/gamess/rungms 1.inp 00 1 > 1.gms就行，不是很懂为什么 ...

你可以试试把export GMS=/nfs-share/home/studentID/gamess/rungms写到~/.bashrc里，然后在job.sh脚本里写$GMS 1.inp 00 1 >& 1.gms

Strange · 发表于 Post on 2022-10-8 14:04:29

zjxitcc 发表于 2022-10-8 10:46
你可以试试把export GMS=/nfs-share/home/studentID/gamess/rungms写到~/.bashrc里，然后在job.sh脚本里 ...

我就是按教程里直接加进环境变量，用$GMS调用的，只是当初为了排查问题就没这么写。当时不知道为什么按教程那样在>& 1.gms后面加上" &"后就出问题了，去掉最后那个就正常了

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-10-8 19:24:35

Strange 发表于 2022-10-8 14:04
我就是按教程里直接加进环境变量，用$GMS调用的，只是当初为了排查问题就没这么写。当时不知道为什么按教 ...

你的计算节点是Ubuntu系统么？

Strange · 发表于 Post on 2022-10-8 22:30:41

zjxitcc 发表于 2022-10-8 19:24
你的计算节点是Ubuntu系统么？

应该是redhat，我也试了教程里后一种，也是同样的情况

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[GAMESS-US] GAMESS输出文件为空白该如何解决？

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