碱性催化剂与反应物在显性溶剂模型该如何构建

yucci_1111

各位老师好，基于之前在论坛发的求助帖，我尝试做一个显性溶剂模型，用于后续计算反应的过渡态，不同碱性催化剂对过渡态计算应该如何计算 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com)求助：显式溶剂模型普适立场UFF优化出现I101报错 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com)


根据两位老师的回复以及卢老师《构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法》博文，我尝试做了一个显示溶剂模型的构建，做到最后用mopac2xyz抽帧得到VMD文件时，VMD呈现一堆散乱的原子，并没有我反应物的结构，也并没有体现老师博文中溶剂包裹反应的状态，所以想请问各位老师，是不是我的反应物和催化剂的摆放不正确导致最后散乱的结果？如果是由于摆放不正确，那我又应该如何摆放呢？
下面的链接是我的mop文件、输出的out文件以及经过mopac2xyz转换过后的xyz文件压缩包，烦请各位老师答疑解惑。
[url=http://bbs.keinsci.com/%E9%93%BE%E6%8E%A5%EF%BC%9Ahttps://pan.baidu.com/s/10215FW16Fg15WJQJ8DpslQ?pwd=cv9y]https://pan.baidu.com/s/10215FW16Fg15WJQJ8DpslQ?pwd=cv9y[/url]

chands

你的XYZ文件从头到尾都是散的，所以初始结构肯定有问题。

那个Gaussian的out文件里面的甲醇（溶剂？）分子是怎么是甲醇合氢离子（CH3OH2+）?

你应该只构建一个甲醇合OH-（你的研究是OH-和苯甲酰胺反应），这个可以用Gaussian优化一个CH3OH(OH-)结构，然后放一个苯甲酰胺分子，然后放多个甲醇分子（CH3OH）进去。放这么多甲醇合氢离子电场太强整个体系会崩掉。

yucci_1111

chands 发表于 2022-10-15 15:41
你的XYZ文件从头到尾都是散的，所以初始结构肯定有问题。

那个Gaussian的out文件里面的甲醇（溶剂？）分 ...

感谢老师的回复，我的溶剂应是DME，那老师您的意思是我应当先构建一个一分子DME和一分子OH-混合的文件，优化后将其假设为另一个反应物，然后和苯甲酰胺分子放在一起，最后用多个DME分子包裹嘛？

chands

yucci_1111 发表于 2022-10-15 17:41
感谢老师的回复，我的溶剂应是DME，那老师您的意思是我应当先构建一个一分子DME和一分子OH-混合的文件， ...

是。
如果用Gaussian跑，在反应中心（酰胺键）附件加几个DME然后加隐式溶剂模型计算就行，你加这么多溶剂分子，Gaussian跑不动的，要用第一性原理软件跑。

yucci_1111

chands 发表于 2022-10-15 18:05
是。
如果用Gaussian跑，在反应中心（酰胺键）附件加几个DME然后加隐式溶剂模型计算就行，你加这么多溶 ...

好的老师，我去尝试着做一下