分子结构优化，对照参考文献输入参数是否正确

GHL · 发表于 Post on 2022-10-20 10:03:33

可以帮忙看一下，我参考的文献是否以文献一致，因为后期的IP结果与文献趋势相反。想麻烦大家看看是否输入参数有问题。
结构如图所示
参考文献描述：
For anthocyanidins, geometry optimization of each ArO and ArOH+ radical was performed starting from the optimized
structure of the parent molecule (ArOH), after removing an electron from the molecule ,with the unrestricted UB3LYP , by using the 6-31++G(d,p) basis set. The solvation effects have been analyzed by the application of the polarizable continuum model
(PCM) using the integral equation formalism polarizable variant (IEFPCM) and water as solvent, which
describes the contribution of the solvent in theoretical studies of anthocyanins

输入文件已附上

GHL · 发表于 Post on 2022-10-20 10:05:11

右边那个是失去一个电子的自由基

chands · 发表于 Post on 2022-10-20 10:21:07

GHL 发表于 2022-10-20 10:05
右边那个是失去一个电子的自由基

左边是ArO+的结构，右边是ArO·2+的结构。
母体分子应该在2位补一个H。

GHL · 发表于 Post on 2022-10-20 10:25:16

chands 发表于 2022-10-20 10:21
左边是ArO+的结构，右边是ArO·2+的结构。
母体分子应该在2位补一个H。

谢谢，但是不太明白为什么要额外补氢原子?

chands · 发表于 Post on 2022-10-20 10:27:21

GHL 发表于 2022-10-20 10:25
谢谢，但是不太明白为什么要额外补氢原子?

因为O是2价，C是4价。

GHL · 发表于 Post on 2022-10-20 10:57:40

chands 发表于 2022-10-20 10:27
因为O是2价，C是4价。

抱歉啊，我是初级入门，分子结构原来带有一个正电荷，要计算IP的话需要再失去一个电子，
后者的减去前者
看了一些帖子，上面说是在电荷上进行修改即可，还需要对结构进行修改吗？

chands · 发表于 Post on 2022-10-20 11:31:54

GHL 发表于 2022-10-20 10:57
抱歉啊，我是初级入门，分子结构原来带有一个正电荷，要计算IP的话需要再失去一个电子，
后者的减去前者 ...

是，输入文件只要修改电荷和自旋多重度。

如果算垂直电离势，则优化母体分子，然后修改电荷和自旋多重度在原结构下计算。
如果算绝热电离势，母体分子和离子都要各自优化。

GHL · 发表于 Post on 2022-10-20 14:50:27

本帖最后由 GHL 于 2022-10-20 15:14 编辑

chands 发表于 2022-10-20 11:31
是，输入文件只要修改电荷和自旋多重度。

如果算垂直电离势，则优化母体分子，然后修改电荷和自旋多重 ...

大佬，我根据之前sobereva大神的帖子回复，理解为我现在的目的是得到绝热电离势，
所以就像您所说的，需要对母体分子和离子都各自优化，而这优化是指
向2位添加一个氢，只有母体分子吗？离子态的做额外处理？

如图红色虚圈，我已向C2位添加氢原子，不知道周围的双键是否也应该修改？

chands · 发表于 Post on 2022-10-20 14:58:12

GHL 发表于 2022-10-20 14:50
大佬，我根据之前sober大神的帖子回复，理解为我现在的目的是得到绝热电离势，
所以就像您所说的，需要 ...

这看你要做那个东西的绝热电离势。中性分子的，还是离子的。总之是某个结构（中性、离子），和这个结构（中性、离子）电离出一个电子后的结构作比较。

GHL · 发表于 Post on 2022-10-20 15:19:44

chands 发表于 2022-10-20 14:58
这看你要做那个东西的绝热电离势。中性分子的，还是离子的。总之是某个结构（中性、离子），和这个结构（ ...

这个化合物本身是带一个正电，作为抗氧化剂，我是想对比其IP，对其同类型化合物的进行性质对比。
前期很可能仅仅更改了电荷数和自旋多重度（软件决定），后期计算的结果始终与文献结果有差异，趋势甚至是相反的

GHL · 发表于 Post on 2022-10-20 19:19:26

chands 发表于 2022-10-20 11:31
是，输入文件只要修改电荷和自旋多重度。

如果算垂直电离势，则优化母体分子，然后修改电荷和自旋多重 ...

垂直电离势先优化母体分子然后修改电荷和自旋多重度在原结构下计算。
绝热电离势，母体分子和离子都要各自优化。
这有什么区别吗？
先优化母体分子再修改电荷和自旋多重度（成为离子态）优化计算与离子模式优化计算会有差别吗？
一个是优化后修改再优化，一个是一步优化到位？
大佬，我理解的有问题吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-10-20 19:43:45

GHL 发表于 2022-10-20 12:19
垂直电离势先优化母体分子然后修改电荷和自旋多重度在原结构下计算。
绝热电离势，母体分子和离子都要各 ...

垂直电离势只优化、修改，不再次优化。
能量并不一定要在优化的结构下计算

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-10-20 19:45:35

GHL 发表于 2022-10-20 07:50
大佬，我根据之前sobereva大神的帖子回复，理解为我现在的目的是得到绝热电离势，
所以就像您所说的，需 ...

不能加氢原子。算电离势必须是在原子的种类、数目完全不变的情况下，只改电荷、自旋多重度。只要知道电离势的物理意义就知道为什么不能通过加氢原子的方式改变电荷、自旋多重度

GHL · 发表于 Post on 2022-10-20 21:24:42

wzkchem5 发表于 2022-10-20 19:45
不能加氢原子。算电离势必须是在原子的种类、数目完全不变的情况下，只改电荷、自旋多重度。只要知道电离 ...

那大佬，我按照文献的意思，先对母体分子进行优化，后去掉一个电子，再进行优化其离子状态的
这个与初期直接去掉一个电子，直接进行离子状态的优化，有差别吗？

另外文献未提及校正因子的加入，是否会造成结果趋势的差异

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-10-20 21:55:07

GHL 发表于 2022-10-20 14:24
那大佬，我按照文献的意思，先对母体分子进行优化，后去掉一个电子，再进行优化其离子状态的
这个与初期 ...

几乎没有区别。如果离子不止一个构象，两种做法可能会收敛到不同构象，此时两种做法都是不可靠的，必须对离子做构象搜索，取最稳定构象。
校正因子对电离势的贡献一般非常小，即使不校正频率也问题不大。只要校正因子统一用或统一不用，用的话电离前电离后统一用同一个值，就行

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[Gaussian/gview] 分子结构优化，对照参考文献输入参数是否正确

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