求助：如何给Alphafold预测出的蛋白质结构中添加辅因子？

malenlas · 发表于 Post on 2022-10-9 14:55:45

我使用alphafold预测了一个蛋白质的结构，但这个蛋白质本身应当有Fe4S4、PLP、SAM这三个辅因子，Fe4S4又有三个原子与蛋白质氨基酸有共价键连接，这些AF2都生成不出来。求问怎么把辅因子重新加进去啊。

k64_cc · 发表于 Post on 2022-10-9 16:26:49

知道它在哪就docking整进去，不知道就没办法

malenlas · 发表于 Post on 2022-10-9 19:46:21

k64_cc 发表于 2022-10-9 16:26
知道它在哪就docking整进去，不知道就没办法

本来应当是有共价键连接的也可以docking进去吗

k64_cc · 发表于 Post on 2022-10-10 11:23:19

malenlas 发表于 2022-10-9 19:46
本来应当是有共价键连接的也可以docking进去吗

共价对接咯，软件也是有的，但是你得提前知道位点。

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-10-27 21:26:51

像四铁四硫这种，找个同源模板，然后把四铁四硫通过pymol，align到你的AF2预测的结构里

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[蛋白质建模] 求助：如何给Alphafold预测出的蛋白质结构中添加辅因子？