求助能量最小化不充分很快结束的问题

yuyao_yang

构建了一个5-5-5的盒子，填充了4000个水分子，和大概2M的Na2HPO4离子，但是跑的时候总是报错。

em时调了很多参数，检查了很多遍结构，都不行。

Step=   90, Dmax= 1.0e-06 nm, Epot= -4.83536e+05 Fmax= 1.19704e+05, atom= 12545
Step=   91, Dmax= 1.3e-06 nm, Epot= -4.83536e+05 Fmax= 1.12062e+05, atom= 12541
Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the
requested precision Fmax < 100 (which may not be possible for your system).
It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too
small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we
regard the minimization as converged to within the available machine
precision, given your starting configuration and EM parameters.


没办法只能试着跑eq，但是总是报错

step 2: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
段错误 (核心已转储)


求问原因？或者哪里设置的不对？

yuyao_yang

附上gro文件

牧生

yuyao_yang 发表于 2022-6-22 21:21
附上gro文件

极大概率是因为其中某个分子的结构错误



看我以前的类似错误http://bbs.keinsci.com/thread-28435-1-1.html

snljty2

如果结构没问题，可以先尝试用双精度版本Gromacs进行能量极小化。(gmx_d mdrun)

yuyao_yang

牧生 发表于 2022-6-22 21:38
极大概率是因为其中某个分子的结构错误

好的，我检查试试

yuyao_yang

牧生 发表于 2022-6-22 21:38
极大概率是因为其中某个分子的结构错误

是的，感觉是磷酸氢根结构文件有点问题，换了之后，已经没有报错了，谢谢！

ZHIMING123

snljty2 发表于 2022-6-22 23:32
如果结构没问题，可以先尝试用双精度版本Gromacs进行能量极小化。(gmx_d mdrun)

你好，双精度如何操作啊

ZHIMING123

牧生 发表于 2022-6-22 21:38
极大概率是因为其中某个分子的结构错误

您好，如果小分子结构有问题，如何处理啊 我肉眼咋看不出来有问题啊

牧生

ZHIMING123 发表于 2022-11-6 16:26
您好，如果小分子结构有问题，如何处理啊 我肉眼咋看不出来有问题啊

vmd打开gro文件一看，就知道了。