求助：小分子用高斯优化完结构后坐标变化特别大

dinghongming · 发表于 Post on 2020-4-19 12:11:05

我从RCSB中下载了蛋白质和配体小分子的pdb文件，从中提取配体小分子用高斯对其结构进行优化（同时计算RESP电荷），然后准备用分子动力学（gromacs）研究优化结构后的小分子配体与蛋白质间的作用过程。
不过我发现，用高斯对小分子结构做完优化之后，小分子坐标发生了很大的变化（感觉小分子整体发生了旋转和平移），再与蛋白质放到一起后，小分子已经不在位点上了。
我尝试固定某几个原子（原子坐标后加-1）做优化，好像还是会有很大变化，而且这样优化似乎也不太真实。

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-4-19 12:20:21

方法基组也没讲

咋知道你不是HF/3-21G算的呢

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-4-19 12:20:33

nosymm

dinghongming · 发表于 Post on 2020-4-19 15:13:48

liyuanhe211 发表于 2020-4-19 12:20
nosymm

谢谢您的指点！

snljty · 发表于 Post on 2020-4-19 19:41:58

本帖最后由 snljty 于 2020-4-20 19:22 编辑

读输出文件的Input orientataion，不要读Standard orientation。

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-19 19:48:20

仔细看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297（http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html）

你当前做优化的目的仅仅是为了之后能计算RESP电荷，完全不需要管绝对坐标怎么变。你实际MD模拟用的坐标还是实验测的坐标，而非Gaussian优化后的坐标

dinghongming · 发表于 Post on 2020-4-20 19:10:25

sobereva 发表于 2020-4-19 19:48
仔细看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297（http://bbs.keinsci.com/ ...

谢谢，我仔细看下！

孟依然 · 发表于 Post on 2021-1-27 16:18:12

请问楼主后来用什么关键词进行的高斯运算？您可以分享一下高斯计算的算法吗？

winn · 发表于 Post on 2022-11-17 18:44:29

sobereva 发表于 2020-4-19 19:48
仔细看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297（http://bbs.keinsci.com/ ...

请问老师，MD模拟时用的分子的坐标，在gauss结构优化后未发生大的位移的情况下，也不能用优化后的坐标吗？必须更换为初始坐标吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-18 02:19:22

winn 发表于 2022-11-17 18:44
请问老师，MD模拟时用的分子的坐标，在gauss结构优化后未发生大的位移的情况下，也不能用优化后的坐标吗 ...

RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

仔细看“附2：蛋白质配体的RESP电荷该用什么构象计算？”部分

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[Gaussian/gview] 求助：小分子用高斯优化完结构后坐标变化特别大

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