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[GROMACS] 求助:对称双相体系计算结果不对称

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本人使用gromacs计算辛酸-水的双相体系,构建了下图所示的对称体系,在经过50ns的计算以后,导出了最后10ns的辛酸local density沿Z轴变化的曲线。按我的理解,初始体系是对称的,这个曲线应该也是对称的,但是明显不对称,尤其中间部分的峰和谷。希望能得到各位前辈的解答。谢谢!



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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-11-25 17:10:07 | 只看该作者 Only view this author
我觉得很对称啊,总有点涨落吧(而且模拟体系这么小,真实体系大多了)。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
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发表于 Post on 2022-11-25 20:39:32 | 只看该作者 Only view this author
这种程度的对称性还算说得过去。要更好的对称性需要更充分的采样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-26 12:52:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-25 20:39
这种程度的对称性还算说得过去。要更好的对称性需要更充分的采样

社长,您的意思是我计算50ns去最后10ns不够什么?是50ns不够还是10ns不够?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-26 12:53:00 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-11-25 17:10
我觉得很对称啊,总有点涨落吧(而且模拟体系这么小,真实体系大多了)。

还是差一些 比文献差一些

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发表于 Post on 2022-11-27 00:59:47 | 只看该作者 Only view this author
xjtu_zk 发表于 2022-11-26 12:52
社长,您的意思是我计算50ns去最后10ns不够什么?是50ns不够还是10ns不够?

计算密度曲线部分用的轨迹不够长
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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