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[Amber] AMBER/Gaussian联用问题

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楼主
在进行amber+gaussianl联用时,进行最小化总出现Error reading Gaussian template file gau_job.tpl错误,请问这个需要怎么改才能跑通

min.out

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发表于 Post on 2017-11-25 09:44:42 | 只看该作者 Only view this author
咨询一下楼主,这个是如何连用的呢?有没有相关的网址?amber主页连接那个我知道,不知道楼主有没有其他的学习网址或者资料?谢谢楼主
https://www.x-mol.com/groups/fan_jianzhong

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-25 10:10:13 | 只看该作者 Only view this author
小范范1989 发表于 2017-11-25 09:44
咨询一下楼主,这个是如何连用的呢?有没有相关的网址?amber主页连接那个我知道,不知道楼主有没有其他的 ...

我现在联用没有成功,说明做法是错误的,amber12的3.7.6.3有一些教程,我是根据那上面弄的,你可以参考一下

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发表于 Post on 2017-11-25 11:37:29 | 只看该作者 Only view this author
估计要么是模板文件格式不对,要么放的路径不对,程序找不到这个文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2017-11-25 17:27:39 | 只看该作者 Only view this author
16whzhengdn 发表于 2017-11-25 10:10
我现在联用没有成功,说明做法是错误的,amber12的3.7.6.3有一些教程,我是根据那上面弄的,你可以参考一 ...

谢谢指点
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-27 08:15:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-25 11:37
估计要么是模板文件格式不对,要么放的路径不对,程序找不到这个文件

估计是的,我检查下路径先

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发表于 Post on 2019-5-7 20:58:07 | 只看该作者 Only view this author
请问一下您跑通了吗?能否给一些指点,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-4 11:41:03 | 只看该作者 Only view this author
Kristen-Chan 发表于 2019-5-7 20:58
请问一下您跑通了吗?能否给一些指点,谢谢

跑通了,你想了解哪些方面?

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发表于 Post on 2019-11-4 00:18:02 | 只看该作者 Only view this author
16whzhengdn 发表于 2019-6-4 11:41
跑通了,你想了解哪些方面?

你好,我在跑QM/MM时,old.gau_job.log显示正常结束,但是.OUT文件里面一直出现以下的错误,请问是什么原因呢?谢谢。
SANDER BOMB in subroutine check_installation (qm2_extern_util_module)
Internal error closing and deleting file with path location of executable.
Quitting now.

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发表于 Post on 2019-11-28 00:53:19 | 只看该作者 Only view this author
16whzhengdn 发表于 2019-6-4 11:41
跑通了,你想了解哪些方面?

请问您如何解决的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-9 15:59:37 | 只看该作者 Only view this author
fang0411 发表于 2019-11-4 00:18
你好,我在跑QM/MM时,old.gau_job.log显示正常结束,但是.OUT文件里面一直出现以下的错误,请问是什么原 ...

请问解决了吗,如果还没有,需要把.out文件传上来,看过之后才能知道什么原因?

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发表于 Post on 2020-6-9 20:40:59 | 只看该作者 Only view this author
请教amber与高斯联用是不是只能用sander,无法使用GPU加速?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-10 16:17:00 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2020-6-9 20:40
请教amber与高斯联用是不是只能用sander,无法使用GPU加速?

你好,目前Amber18及以上版本可以使用GPU加速运行,可去官网或者下载手册阅读指南。http://ambermd.org/GPUSupport.php

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发表于 Post on 2020-6-10 19:08:48 | 只看该作者 Only view this author
16whzhengdn 发表于 2020-6-10 16:17
你好,目前Amber18及以上版本可以使用GPU加速运行,可去官网或者下载手册阅读指南。http://ambermd.org/G ...

翻了翻手册,原来Amber18真的支持与高斯联用GPU加速了, 还有些问题请教下
1. 用pmemd 跟高斯联用 是不是仍然依赖 CPU核心(性能)?
2. 半经验QM/MM能否用pmemd?以前试过用amber18的半经验,好像pmemd是不行的。现在去了别的实验室,暂时没电脑测试,不知是不是设置错了。

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发表于 Post on 2020-6-11 07:47:13 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2020-6-10 19:08
翻了翻手册,原来Amber18真的支持与高斯联用GPU加速了, 还有些问题请教下
1. 用pmemd 跟高斯联用 是不是 ...

您好,请问关于这个GPU加速Gaussian/Amber的QM/MM 方法在手册的什么位置,我非常感兴趣,但是没有找到。
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