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[VASP] vasp的任务提交脚本都不一样吗

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楼主
听说不同的服务器上都有各自的vasp提交脚本,可以向管理员索要。如果是在自己的服务器上新安装的vasp,任务提交脚本应当如何写呢,是否有比较普适性的例子可参考。

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所念皆星河

2#
发表于 Post on 2023-5-23 17:13:10 | 只看该作者 Only view this author
这取决于你的服务器上装的啥队列系统,没装的话就shell命令直接跑呗。
心之所向,日复一日,必有精进

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3#
发表于 Post on 2023-5-23 17:13:17 | 只看该作者 Only view this author
这是我报的一个班老师提供的提交脚本。

job.mpi

722 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 73

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4#
发表于 Post on 2023-5-23 21:21:59 | 只看该作者 Only view this author
使用slurm的话,
可以参考这里, https://gitee.com/hpc4you/redstar

拷贝之后, 修改对应路径即可.
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

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5#
发表于 Post on 2023-5-24 14:00:22 | 只看该作者 Only view this author
如果是装了作业系统,要在脚本最前面指定资源调用。如果多节点集群而且没有IB网,最好把临时读写文件在的目录设在计算节点最快的硬盘上,必要时候需要把输入文件拷贝过去,算完了再把输出文件拷贝回来。然后要加载你的软件相应的环境变量,就是PATH,LD_LIBRARY_PATH之类的环境变量,包括你的软件本身的和依赖的(动态链接)库的,以及栈内存限制释放等等,看你具体把软件和库装在哪里,以及怎么配置的了,有的集群会装Environment Module,那如果已经有人配置好module,加载相应的modulefile就行。中间部分就是运行命令,有些程序要显示指明并行设置,比如16核并行mpirun -np 8 vasp_std > vasp_log.txt,这些地方各个脚本会不完全一样,但是原理上都是这几件事。

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6#
发表于 Post on 2023-5-24 17:09:54 | 只看该作者 Only view this author
按照你的提问
在自己的服务器上新安装 VASP

需要确认的是,你自己的服务器是指:
(1)课题组自己的超算集群?
(2)自己的小型塔式工作站?

如果是(1),建议联系工程师安装作业管理系统

如果是(2),可以按照论坛里的这几个帖子来安装作业管理系统(slurm 或者 torque

http://bbs.keinsci.com/thread-20943-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-30694-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-32750-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-28395-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-22808-1-1.html

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