使用Amber的leap模块去生成蛋白质与小分子top和crd文件出现问题

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-12-9 16:24:04

本帖最后由 sun877469558 于 2022-12-9 16:27 编辑

请问各位大佬，体系是蛋白与小分子，操作流程如下，全程未报错，leap也没有报错，但是最后leap得到的复合物pdb有问题。（我觉得是不是antechamber生成的mol2以及frcmod有问题），向请各位老师请教一下antechamber -i ligand.mol2 -fi mol2 -o ligand.ante.mol2 -fo mol2

parmchk2 -i ligand.ante.mol2 -f mol2 -o ligand.frcmod

source leaprc.protein.ff14SB
source leaprc.gaff
source leaprc.water.tip3p
LIG = loadmol2 ligand.ante.mol2
check LIG
loadamberparams ligand.frcmod
saveoff LIG ligand.lib
mol = loadpdb 1mlw_fixed_H.pdb
savepdb mol PRO_dry.pdb
saveamberparm mol PRO_dry.prmtop PRO_dry.inpcrd
solvatebox mol TIP3PBOX 10.0
addions mol Na+ 0
addions mol Cl- 0
savepdb mol PRO_solv.pdb

saveamberparm LIG ligand.prmtop ligand.inpcrd
quit
上面是leap之前的图，下面是leap之后的图。感觉不是显示的问题，pymol和vmd都这样

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-12-9 18:09:42

经过查阅文献和sob老师的回复，卤键需要用虚拟点考虑额外点电荷，这个在Amber中怎么实现呢？

c00jsw00 · 发表于 Post on 2022-12-9 21:59:11

參考這一個https://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/index.php

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-12-14 13:50:18

c00jsw00 发表于 2022-12-9 21:59
參考這一個https://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/index.php

感谢回复，问题已解决

用Gaussian16优化小分子结构后再进行对接就没问题了，应该是小分子初始结构有问题

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