苯分子的分子力计算问题

熊小熊 · 发表于 Post on 2022-12-22 14:59:00

大家好，我研究的是小分子过膜体系，我现在采用Sobtop计算生成了苯分子力场数据，种类是GAFF，但是我加入系统计算时，如果不加冻结，苯分子直接断键了，加了冻结又会出现LINCES Warning。所以想问问这是怎麼回事儿，力场中有很多没有，我是不是还得自己找？

enthalpy · 发表于 Post on 2022-12-22 15:47:51

你不觉得你这itp文件少点什么吗？至少ca-ca 的成键都没有。

熊小熊 · 发表于 Post on 2022-12-22 16:26:45

enthalpy 发表于 2022-12-22 15:47
你不觉得你这itp文件少点什么吗？至少ca-ca 的成键都没有。

嗯，谢谢你的回答，那这个生成的可能不能用，得重新去想办法生成。

牧生 · 发表于 Post on 2022-12-23 09:59:22

本帖最后由牧生于 2022-12-23 10:08 编辑

用gv画出来结构式，导出为mol2格式，再用sobtop。这才是最最正规的做法

其余的比如M$, chemdraw,画出来的结构式，都不如gv画的正规

你试试我做出来的

ben.mol2 (765 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

ben.itp (8.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2022-12-23 13:10:46

我觉得没有必要用sobtop建立苯的拓扑，直接从amber苯丙氨酸的侧链拿过来建模就可以了，把苄基的C变成H就行。

熊小熊 · 发表于 Post on 2022-12-23 13:45:22

本帖最后由熊小熊于 2022-12-23 20:19 编辑

牧生发表于 2022-12-23 09:59
用gv画出来结构式，导出为mol2格式，再用sobtop。这才是最最正规的做法

其余的比如M$, chemdraw,画出来 ...

很谢谢你，我是用MS创建的MOL2。

熊小熊 · 发表于 Post on 2022-12-23 13:46:23

对抗路达摩发表于 2022-12-23 13:10
我觉得没有必要用sobtop建立苯的拓扑，直接从amber苯丙氨酸的侧链拿过来建模就可以了，把苄基的C变成H就行 ...

我不是使用的amber力场，我用的charmm 的，这种可以适应吗？

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2022-12-23 13:57:24

熊小熊发表于 2022-12-23 13:46
我不是使用的amber力场，我用的charmm 的，这种可以适应吗？

你是用charmm你就根本不应该用sobtop构建你的拓扑
我说的这个方法依然可以

熊小熊 · 发表于 Post on 2022-12-23 20:02:04

本帖最后由熊小熊于 2022-12-23 20:03 编辑

对抗路达摩发表于 2022-12-23 13:57
你是用charmm你就根本不应该用sobtop构建你的拓扑
我说的这个方法依然可以

好的，那你有推荐的其他工具吗？我对这块儿很多不懂。我是做小分子过膜的，模型用CHARMM建的，现在就想找氧气、甲醇之类合适的力场。非常感谢!

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2022-12-24 20:51:37

熊小熊发表于 2022-12-23 20:02
好的，那你有推荐的其他工具吗？我对这块儿很多不懂。我是做小分子过膜的，模型用CHARMM建的，现在就想找 ...

CGenFF也许可以构建找别人的工作看看别人怎么做的

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