求助如何构建两个分子复合物的输入文件

liuxwell · 发表于 Post on 2022-12-28 16:46:42

本帖最后由 liuxwell 于 2022-12-28 22:11 编辑

看到下面这些资料，都是关于同种分子的构象搜索，两个不同分子的如何通过molcus结合xtb处理呢？
《使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索》（http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html）
此文通过一个实例，介绍如何将xtb程序跑的分子动力学轨迹作为初始输入结构，通过molclus寻找水环境中能量最低构象。此文提出的构象搜索流程具有极高的普适性，对于含有10个以上可旋转键的情况比用gentor的做法更适合

牧生 · 发表于 Post on 2022-12-28 17:09:12

http://www.keinsci.com/research/molclus.html

genmer结合molclus：用于分子团簇或原子团簇构型搜索。使用简便。对于多数情况的分子团簇搜索这是首选，不需要装额外的程序

复制代码

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-28 20:49:20

那叫IGMH
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

2L说的molclus主页http://www.keinsci.com/research/molclus.html里的信息写得极其清楚，应当用molclus结合genmer做二聚体构型搜索，仔细看
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

liuxwell · 发表于 Post on 2022-12-28 21:55:20

sobereva 发表于 2022-12-28 20:49
那叫IGMH
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（htt ...

谢谢Sob老师，我现在理解了，正在仔细阅读

liuxwell · 发表于 Post on 2022-12-28 21:55:49

牧生发表于 2022-12-28 17:09
http://www.keinsci.com/research/molclus.html

谢谢~

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