请教PSI4的安装

xjamesmao · 发表于 Post on 2015-2-25 07:57:44

这个PSI4连个自己的论坛或者讨论组也没有，都不知道去哪里求助。希望这里有人能指点一下。Linux系统，4核小计算机器。
我就是照着说明编译安装的，基本上，就是：
mkdir objdir
cd objdir
../configure --prefix=/home/xxx
make
make install

编译用的是intel编译器和mkl库。

装完后make tests全部通过。也能顺利运行自己写的输入，但是……全部都是单cpu运行。
psi4 -n 4或者设置MKL_NUM_THREADS和OMP_NUM_THREADS的值都不管用。

请问我应该在编译过程中哪里指定才能让程序能并行运行？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-25 08:16:40

不需要编译时有什么特殊设定。
运行前先设定
export OMP_NUM_THREADS=4
export MKL_NUM_THREADS=4
然后运行命令最后带着-n 4就可以四核并行运行了。是肯定生效的。

附我的安装过程：

环境RHEL6U1 64bit,root
安装好ifort 12.1、icc 12.1、MKL，
解压psi4.0b5到/sob下，进入psi目录，执行
autoconf
mkdir obj
cd obj
../configure --prefix /sob/psi4 --with-blas='-mkl' --with-cc=icc --with-cxx=icpc --with-fc=ifort --with-opt='-O2 -static -no-prec-div' --with-incdirs=-mkl
make -j4
make tests
make install

xjamesmao · 发表于 Post on 2015-2-25 23:17:41

谢谢。似乎差别就是autoconf。不知道是不是这个原因，回头试试再来报告。

xjamesmao · 发表于 Post on 2015-2-26 03:33:31

奇怪还是不行。主要是用它来做sapt计算，单核就单核吧，也能用。

zdb · 发表于 Post on 2015-3-6 13:13:08

和楼主一样我是解压的二进制跑例子的时候只有一个核运行

sobereva · 发表于 Post on 2015-3-6 13:24:32

zdb 发表于 2015-3-6 13:13
和楼主一样我是解压的二进制跑例子的时候只有一个核运行

最好自己编译，并且configure参数参考我贴的

ZHANGZY · 发表于 Post on 2015-3-7 06:29:20

ubuntu直接在线安装，好像就可以

zdb · 发表于 Post on 2015-3-9 16:20:28

sobereva 发表于 2015-3-6 13:24
最好自己编译，并且configure参数参考我贴的

可以共享一份你的并行测试用的例子吗

sobereva · 发表于 Post on 2015-3-9 16:56:53

zdb 发表于 2015-3-9 16:20
可以共享一份你的并行测试用的例子吗

就是很普通的单点任务。四核并行15秒，不并行时39秒

#! Sample UHF/6-31G** CH2 computation
memory 250 mb
molecule test {
0 3
C 0.00377100 0.22128100 1.20821400
C 0.00429200 0.93884200 0.00000000
C 0.00377100 0.22128100 -1.20821400
C 0.00377100 -1.17182400 -1.20258300
C 0.00309400 -1.88174900 0.00000000
C 0.00377100 -1.17182400 1.20258300
H 0.00851600 0.76337400 2.15175600
H 0.00851600 0.76337400 -2.15175600
H 0.00160900 -1.70566700 -2.14978300
H 0.00151400 -2.96775600 0.00000000
H 0.00160900 -1.70566700 2.14978300
N 0.06484900 2.33780600 0.00000000
H -0.30526700 2.77582900 -0.83482700
H -0.30526700 2.77582900 0.83482700
}
set basis 6-311G**
set reference uhf
energy ('scf')

复制代码

leebo · 发表于 Post on 2019-9-14 20:24:28

sobereva 发表于 2015-3-9 16:56
就是很普通的单点任务。四核并行15秒，不并行时39秒

sob,如何在psi4里面设置溶剂化模型，然后计算能量分解，谢谢

Harrypotter · 发表于 Post on 2019-9-14 21:36:39

leebo 发表于 2019-9-14 20:24
sob,如何在psi4里面设置溶剂化模型，然后计算能量分解，谢谢

http://psicode.org/psi4manual/1.2/pcmsolver.html#index-1
https://pcmsolver.readthedocs.io/en/latest/users/input.html
留心note与warning

hxd_yi · 发表于 Post on 2019-9-14 23:17:53

我用的是debian，直接在新立得里面安装。（匿

yanhuiL · 发表于 Post on 2022-12-20 10:33:39

请问提交的PSI4相关任务放置在那个文件夹下面啊，为什么我放在PSI4在个人目录下面，最后安装完都在主目录下面呀，显示没有权限.

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-12-20 15:01:40

本帖最后由 zjxitcc 于 2022-12-20 15:03 编辑

yanhuiL 发表于 2022-12-20 10:33
请问提交的PSI4相关任务放置在那个文件夹下面啊，为什么我放在PSI4在个人目录下面，最后安装完都在主目录下 ...

安装方式恐怕有误，亦或环境变量书写有误，导致您正在进行十分危险的操作，你正在对根目录所有文件进行操作，现在显示没有权限还算幸运，要是有权限，恐怕系统已经被弄坏了，亦或产生难以预料的后果。强烈建议阅读《PSI4程序安装及运行》https://mp.weixin.qq.com/s/I7Q1YXX5oSsXDe3oMo2jPw

yanhuiL · 发表于 Post on 2022-12-20 15:35:52

zjxitcc 发表于 2022-12-20 15:01
安装方式恐怕有误，亦或环境变量书写有误，导致您正在进行十分危险的操作，你正在对根目录所有文件进行操 ...

好的，谢谢老师提醒。

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