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[新手求助] 含过渡金属大分子体系结构优化求助

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楼主
分子共126个原子,含过渡金属,Cs点群对称性,用ORCA计算不收敛,inp和log文件在附件中,看了Sob老师的博文想用gaussian先进行结构优化 ,但是不知道是选择PM6-D3半经验方法优化还是应该用b3lyp def2sv(p)的DFT优化,只有4核3.9GHz,目的也只是给ORCA做初猜让ORCA能够收敛,想向大家请教一下该怎么办,有没有什么其他办法能让ORCA收敛还是有推荐的高斯优化方案都可以,谢谢大家!


Utodga-Sc-NO3.log

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发表于 Post on 2020-11-18 02:14:42 | 只看该作者 Only view this author
“PM6-D3半经验方法优化”根本连想都不用想
这个体系又没多大,根本轮不到半经验,就算用半经验层面的方法预优化,也不是用PM6/7的场合,该用的是GFN2-xTB
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-11-17 15:30:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 喵星大佬 于 2020-11-17 15:33 编辑

硝酸根变成角锥然后N配位在Sc上????

我化学学得不好,不过这个结构要是能收敛可是真的奇了怪了
然后B97-3c不要写RI和AUTOAUX,自动会用RI和对应的辅助基组

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-17 15:34:08 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-11-17 15:30
硝酸根变成角锥然后N配位在Sc上????

我化学学得不好

对不起dalao我画错了应该是O配位,角锥结构是因为想凑Cs点群
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发表于 Post on 2020-11-17 15:37:54 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2020-11-17 15:34
对不起dalao我画错了应该是O配位,角锥结构是因为想凑Cs点群

结构都没画对考虑对称性干啥

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-17 15:44:44 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-11-17 15:37
结构都没画对考虑对称性干啥

对不起dalao我现在改一下结构再算,还想问您一个基础的问题,就是如果算NO3-结构的话电荷和自旋多重度怎么写才能代表是阴离子而不是阳离子
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发表于 Post on 2020-11-17 15:47:02 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2020-11-17 15:44
对不起dalao我现在改一下结构再算,还想问您一个基础的问题,就是如果算NO3-结构的话电荷和自旋多重度怎 ...

只需要考虑整体的电荷和自旋,你又不是要做约束性DFT,何况ORCA也做不了CDFT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-17 16:01:09 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-11-17 15:47
只需要考虑整体的电荷和自旋,你又不是要做约束性DFT,何况ORCA也做不了CDFT

dalao,因为我后边想计算这个结构跟稀土元素结合的情况,如果我用B97-3c然后给Sc单独加SDD贋式基组可以吗,还是说用B97-c本身自带的贋式就够计算Sc和其他稀土元素了
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发表于 Post on 2020-11-17 16:05:09 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2020-11-17 16:01
dalao,因为我后边想计算这个结构跟稀土元素结合的情况,如果我用B97-3c然后给Sc单独加SDD贋式基组可以吗 ...

B97-3c已经指定基组了,就是修改过的tzvp,再指定基组就是莫名其妙了。

不需要加赝势,B97-3c指定的Sc是全电子基组

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-17 17:15:07 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-11-17 16:05
B97-3c已经指定基组了,就是修改过的tzvp,再指定基组就是莫名其妙了。

不需要加赝势,B97-3c指定的Sc ...

谢谢dalao,加了slowconv和
%scf
DirectResetFreq=1
end
之后成功收敛了,感谢
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-18 20:40:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-18 02:14
“PM6-D3半经验方法优化”根本连想都不用想
这个体系又没多大,根本轮不到半经验,就算用半经验层面的方法 ...

好的,谢谢Sob老师指导,我今天用ORCA-B97-3c优化Cs点群结构(200个原子)发现优化了九个小时,猜想应该是ORCA没有对称优化速度,不知道有没有几何优化的加速方法,我先学着试试您说的GFN2-xTB优化
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发表于 Post on 2020-11-18 21:07:47 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2020-11-18 20:40
好的,谢谢Sob老师指导,我今天用ORCA-B97-3c优化Cs点群结构(200个原子)发现优化了九个小时,猜想应该 ...

优化为啥要考虑对称性。。。。。那么长的柔性链优化时间长点也很正常

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发表于 Post on 2020-11-18 21:11:17 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2020-11-18 20:40
好的,谢谢Sob老师指导,我今天用ORCA-B97-3c优化Cs点群结构(200个原子)发现优化了九个小时,猜想应该 ...

9个小时优化这么大体系已经算够快的了
对称性没那么重要,别总是想着提高体系对称性加快计算速度,有的时候对于本来能摆成高对称性的分子,反而要故意扭转一下,变成没有对称性的分子来优化,以此减少优化后的结构有虚频的概率
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-18 21:26:15 | 只看该作者 Only view this author
哦哦是我想岔了,我以为ORCA里面加快几何优化速度的最好方法就是初始结构对称性高,dalao们这么说我就放心了,谢谢大佬们的解答
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发表于 Post on 2020-11-19 05:46:42 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2020-11-18 21:26
哦哦是我想岔了,我以为ORCA里面加快几何优化速度的最好方法就是初始结构对称性高,dalao们这么说我就放心 ...

ORCA根本就不能像Gaussian一样通过对称性加速计算,做这种事是多余的。至多是对于确实有对称性的体系可能优化达到收敛的步数少一点。
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