gmx trjconv命令是否是在模拟完成后必须进行的一步？

12313 · 发表于 Post on 2024-5-17 12:18:19

老师们好，我想问一下关于对轨迹进行周期性矫正的指令gmx trjconv，他的目的是什么？什么情况下会用到这个指令？比如以下是我在模拟蛋白配体复合物后生成的backbone的RMSD图，这种情况需要再进行gmx trjconv的相关操作吗？

低调的板凳 · 发表于 Post on 2024-5-17 14:58:48

gmx trjconv并不是什么必须操作步骤。。。且与你backbone的RMSD什么样子也没啥关系。

而是你需要对你的轨迹做，特定处理的时候使用而已，转换格式，减少帧，提取部分轨迹，提取部分组，叠合参考结构，修改周期边界条件等等。

建议找手册看一下。

比如你MD后只是想加载VMD看一下蛋白和配体的轨迹，那你可以直接不显示水，就行，不需要gmx trjconv处理。

12313 · 发表于 Post on 2024-5-17 15:15:51

低调的板凳发表于 2024-5-17 14:58
gmx trjconv并不是什么必须操作步骤。。。且与你backbone的RMSD什么样子也没啥关系。

而是你需要对你 ...

手册该去哪里找呢，老师

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-5-17 16:25:47

12313 发表于 2024-5-17 15:15
手册该去哪里找呢，老师

gromacs 官网上有对每个命令和算法的介绍，用gmx help也能获取命令的具体介绍
https://manual.gromacs.org/curre ... f.html#gmx-editconf

12313 · 发表于 Post on 2024-5-17 17:26:55

Seyilaxa 发表于 2024-5-17 16:25
gromacs 官网上有对每个命令和算法的介绍，用gmx help也能获取命令的具体介绍
https://manual.gromacs.o ...

好的，谢谢老师

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[GROMACS] gmx trjconv命令是否是在模拟完成后必须进行的一步？